L’équipe CoMiC étudie les communautés microbiennes des écosystèmes continentaux terrestres et aquatiques dans un cadre interdisciplinaire qui allie la microbiologie, la génomique comparative, la métagénomique, la chimie, l’écologie, la santé, les sciences de l’environnement et les sciences sociales.
Plus précisément, nos recherches portent sur (i) la vulnérabilité des communautés microbiennes aux perturbations et polluants induits par l’activité humaine (ii), les flux et la diversité des pathogènes (des humains ou des plantes) dans l’environnement, (iii) le développement de nouveaux outils de surveillance des écosystèmes aquatiques et de nouvelles approches pour assurer une gestion durable de ces écosystèmes.
Notre travail, structuré autour du concept « one health/ecohealth », se développe sur deux axes principaux :
Biodiversité structurelle et fonctionnelle des communautés microbiennes, leurs interactions et leurs rôles dans la fonction des écosystèmes où nous étudions:
- La relation entre la structure et la composition des communautés microbiennes et les flux de carbone organique et d’azote ou de polluants dans les écosystèmes.
- L’impact des changements locaux et globaux sur la dynamique et la structure des communautés microbiennes et sur les processus microbiens impliqués dans la dynamique des cycles C et N.
- Les conséquences de ces changements dans les communautés microbiennes sur les services écosystémiques rendus par les écosystèmes et sur les usages qui en sont faits.
Légende : prolifération de cyanobactéries potentiellement toxiques dans la lagune Aghien (Côte d’Ivoire) – J.-F. HUMBERT, INRA 2017
Qualité écologique des écosystèmes continentaux- (dys)-fonctionnement des communautés microbiennes et risques associés pour la santé humaine et la production végétale où nous étudions :
- La relation entre la qualité écologique des écosystèmes continentaux (matière organique, niveau trophique, structure et composition des communautés microbiennes, …) et la survie et/ou le développement de bactéries pathogènes pour les plantes ou les humains.
- Les proliférations de cyanobactéries dans les écosystèmes aquatiques continentaux et la production de toxines, depuis la compréhension des processus (mise en place, synergie avec les micro-organismes hétérotrophes…) jusqu’à la mise au point d’outils de surveillance de ces proliférations et le développement de nouvelles approches pour la gestion des écosystèmes aquatiques.
- Les risques d’exposition humaine aux pathogènes bactériens et aux toxines des cyanobactéries en relation avec les usages des sols et des milieux aquatiques.
- L’adaptation des pathogènes à l’environnement par des approches de génomique comparative
Dans un contexte de changement global et local présent et futur, les chercheurs de CoMiC visent à:
- placer leur travail dans un cadre théorique et conceptuel solide ;
- apporter des réponses ciblées aux besoins spécifiques de la société et des parties prenantes dans les pays développés, émergents et en développement.
Les membres de l’équipe ont tous une forte implication dans les activités d’enseignement, en particulier à Sorbonne Université, mais aussi dans d’autres Universités (UPEC, Université de Paris) ou dans les écoles agronomiques (Agroparistech, ISARA de Lyon) ainsi que dans les pays du Sud (Côte d’Ivoire, Ouganda, Laos, Niger, Sénégal, Vietnam, Thaïlande) et dans la formation continue des chercheurs et personnels scientifiques des pays du Sud.
Publications de l'équipe
Ne concerne que les publications de 2017 à aujourd’hui. Pour voir toutes les publications dirigez-vous vers la page Publications.
| Référence | DOI et liens HAL | Journal | Equipe(s) – Département(s) | |
|---|---|---|---|---|
| Kim, M.`, L. Boithias, K. H. Cho`, N. Silvera, C. Thammahacksa, K. Latsachack*, E. Rochelle-Newall*, O. Sengtaheuanghoung, A. Pierret*, Y. A. Pachepsky & O. Ribolzi, 2017. Hydrological modeling of Fecal Indicator Bacteria in a tropical mountain catchment. Water Research 119:102-113 doi:https://doi.org/10.1016/j.watres.2017.04.038. | 10.1016/j.watres.2017.04.038 🔗 HAL | Water Research | CoMiC – DCFE ; F2ZC – Sols_ZC | |
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| Manivanh, L`., A. Pierret*, S. Rattanavong`, O. Kounnavongsa, Y`. Buisson, I. Elliott, J.-L. Maeght*, K. Xayyathip`, J. Silisouk`, M. Vongsouvath`, R. Phetsouvanh`, P. N. Newton, G. Lacombe, O. Ribolzi, E. Rochelle-Newall* & D. A. B. Dance, 2017. Burkholderia pseudomallei in a lowland rice paddy: seasonal changes and influence of soil depth and physico-chemical properties. Scientific Reports 7:3031 doi:10.1038/s41598-017-02946-z. | 10.1038/s41598-017-02946-z 🔗 HAL | Scientific Reports | CoMiC – DCFE ; F2ZC – Sols_ZC | |
| Pancrace P., Barny MA.*, Ueoka R., Calteau A., Scalvenzi T., Pédron J.*, Barbe V., Piel J., Humbert JF.*, Gugger M (2017) Insights into the Planktothrix genus: Genomic and metabolic comparison of benthic and planktic strains. Scientific reports.7, 41181 | 10.1038/srep41181 🔗 HAL | Scientific reports | CoMiC – DCFE | |
| Anh, H. Q., T. P. Q. Le`, N. Da Le, X. X. Lu, T. T. Duong`< /span>, J.Garnier, E. Rochelle-Newall*, S. Zhang, N.-H. Oh, C. Oeurng`, C. Ekkawatpanit, T. D. Nguyen, Q. T. Nguyen, T. D. Nguyen, T. N. Nguyen, T. L. Tran, T. Kunisue, R. Tanoue, S. Takahashi, T. B. Minh, H. T. Le, T. N. M. Pham and T. A. H. Nguyen (2020). “Antibiotics in surface water of East and Southeast Asian countries: A focused review on contamination status, pollution sources, potential risks, and future perspectives.” Science of The Total Environment: 142865 | 10.1016/j.scitotenv.2020.142865 | Science of the Total Environment | CoMiC – DCFE | |
| Barot, S*., L. Abbadie*, A. Auclerc, C. Barthélémy, E. Bérille, P. Billet, P. Clergeau, J.-N. Consales, M. Deschamp-Cottin, A. David~, C. Devigne, V. Dham, Y. Dusza~, A. Gaillard, E. Gonzalez, M. Hédont, D. Labarraque, A.-M. Le Bastard, J.-L. Morel, Y. Petit-Berghem, E. Rémy, E. Rochelle-Newall* & M. Veyrières, 2019. Urban ecology, stakeholders and the future of ecology. Science of The Total Environment 667:475-484https://doi.org/10.1016/j.scitotenv.2019.02.410 | 10.1016/j.scitotenv.2019.02.410 🔗 HAL | Science of The Total Environment | CoMiC – DCFE ; EMS – DCFE | |
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| Ribolzi, O., Lacombe, G., Pierret, A.*, Robain, H.*, Sounyafong, P.`, de Rouw, A.*, Soulileuth, B.`, Mouche, E., Huon, S.*, Silvera, N.*, Latxachak, K.O.`, Sengtaheuanghoung, O.`, Valentin, C.* Interacting land use and soil surface dynamics control groundwater outflow in a montane catchment of the lower Mekong basin. Agric. Ecosyst. Environ. 268, 90–102 | 10.1016/j.agee.2018.09.005 🔗 HAL | Agriculture Ecosystems & Environment | F2ZC – Sols_ZC ; CoMiC – DCFE |
Membres de l'équipe
| Nom Prénom | Corps | Employeur | Département et Équipe | Adresse | Téléphone | Mél |
|---|---|---|---|---|---|---|
| BARNY Marie-Anne | DR | INRAE | Équipe CoMiC du Département DCFE | Jussieu Tour 44-45 – 4 étage – bureau : 408 | (+33) 01 44 27 32 94 | marie-anne.barny@upmc.fr |
| BEN MOUSSA Hajar | Doctorant | Sorbonne université | Équipe CoMiC du Département DCFE | Campus Pierre et Marie Curie Tour 44-45 – 4e étage – bureau : 413 | (+33) 01 44 27 23 49 | hajar.ben_moussa@etu.upmc.fr |
| DIGNAC Marie-France | DR | INRAE | Équipe CoMiC du Département DCFE | Campus Pierre et Marie Curie Tour 44-34 – 5e étage – bureau : 504 | (+33) 01 44 27 51 71 | marie-france.dignac@inrae.fr |
| HUMBERT Jean-Francois | DR | INRAE | Équipe CoMiC du Département DCFE | Campus Pierre et Marie Curie Tour 44-45 – 4e étage – bureau : 511 | (+33) 01 44 27 41 67 | jean-francois.humbert@upmc.fr |
| MITROI Veronica | CDD Chercheur | Sorbonne université | Équipe CoMiC du Département DCFE | Campus Pierre et Marie Curie Tour 44-45 – 4e étage – bureau : 410 | (+33) 01 44 27 41 67 | veronica.mitroi@enpc.fr |
| PEDRON Jacques | MC | Sorbonne université | Équipe CoMiC du Département DCFE | Campus Pierre et Marie Curie Tour 44-45 – 4e étage – bureau : 410 | (+33) 01 44 27 41 67 | jacques.pedron@upmc.fr |
| PIERRET Alain | CR | IRD | Équipe CoMiC du Département DCFE | Departement of Agricultural Land Management (DALaM) – – – étage – bureau : – | (+ 856) 20 52 97 60 04 | alain.pierret@ird.fr |
| ROCHELLE-NEWALL Emma | DR | IRD | Équipe CoMiC du Département DCFE | Campus Pierre et Marie Curie Tour 44-45 – 4e étage – bureau : 404 | (+33) 01 44 27 38 26 | emma.rochelle-newall@ird.fr |
| TREVISAN Dominique | IR | INRAE | Équipe CoMiC du Département DCFE | Campus Pierre et Marie Curie Tour 44-45 – 4e étage – bureau : 1 | (+33) 01 44 27 32 11 | dominique.trevisan@inrae.fr |
| VAN GIJSEGEM Frederique | CR | INRAE | Équipe CoMiC du Département DCFE | Campus Pierre et Marie Curie Tour 44-45 – 4e étage – bureau : 408 | (+33) 01 44 27 32 94 | vangijse@agroparistech.fr |
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