Équipe Communautés Microbiennes dans les écosystèmes Continentaux "CoMiC" - iEES Paris

L’équipe CoMiC étudie les communautés microbiennes des écosystèmes continentaux terrestres et aquatiques dans un cadre interdisciplinaire qui allie la microbiologie, la génomique comparative, la métagénomique, la chimie, l’écologie, la santé, les sciences de l’environnement et les sciences sociales.

Plus précisément, nos recherches portent sur (i) la vulnérabilité des communautés microbiennes aux perturbations et polluants induits par l’activité humaine (ii), les flux et la diversité des pathogènes (des humains ou des plantes) dans l’environnement, (iii) le développement de nouveaux outils de surveillance des écosystèmes aquatiques et de nouvelles approches pour assurer une gestion durable de ces écosystèmes.

Notre travail, structuré autour du concept « one health/ecohealth », se développe sur deux axes principaux :

 

Biodiversité structurelle et fonctionnelle des communautés microbiennes, leurs interactions et leurs rôles dans la fonction des écosystèmes où nous étudions :

Prolifération de cyanobactéries
Légende : prolifération de cyanobactéries potentiellement toxiques dans la lagune Aghien (Côte d’Ivoire) – J.-F. HUMBERT, INRA 2017
  1. La relation entre la structure et la composition des communautés microbiennes et les flux de carbone organique et d’azote ou de polluants dans les écosystèmes.
  2. L’impact des changements locaux et globaux sur la dynamique et la structure des communautés microbiennes et sur les processus microbiens impliqués dans la dynamique des cycles C et N.
  3. Les conséquences de ces changements dans les communautés microbiennes sur les services écosystémiques rendus par les écosystèmes et sur les usages qui en sont faits.

Qualité écologique des écosystèmes continentaux- (dys)-fonctionnement des communautés microbiennes et risques associés pour la santé humaine et la production végétale où nous étudions : 

Eaux de surface non traitées
Utilisation domestique d’eaux de surface non traitées. – O. RIBOLZI, IRD 2014
  1. La relation entre la qualité écologique des écosystèmes continentaux (matière organique, niveau trophique, structure et composition des communautés microbiennes, …) et la survie et/ou le développement de bactéries pathogènes pour les plantes ou les humains.
  2. Les proliférations de cyanobactéries dans les écosystèmes aquatiques continentaux et la production de toxines, depuis la compréhension des processus (mise en place, synergie avec les micro-organismes hétérotrophes…) jusqu’à la mise au point d’outils de surveillance de ces proliférations et le développement de nouvelles approches pour la gestion des écosystèmes aquatiques.
  3. Les risques d’exposition humaine aux pathogènes bactériens et aux toxines des cyanobactéries en relation avec les usages des sols et des milieux aquatiques.
  4. L’adaptation des pathogènes à l’environnement par des approches de génomique comparative
 
 

Dans un contexte de changement global et local présent et futur, les chercheurs de CoMiC visent à :


  • placer leur travail dans un cadre théorique et conceptuel solide ;
  • apporter des réponses ciblées aux besoins spécifiques de la société et des parties prenantes dans les pays développés, émergents et en développement.


Les membres de l’équipe ont tous une forte implication dans les activités d’enseignement, en particulier à Sorbonne Université, mais aussi dans d’autres Universités (UPEC, Université de Paris) ou dans les écoles agronomiques (Agroparistech, ISARA de Lyon) ainsi que dans les pays du Sud (Côte d’Ivoire, Ouganda, Laos, Niger, Sénégal, Vietnam, Thaïlande) et dans la formation continue des chercheurs et personnels scientifiques des pays du Sud.


Quelques exemples de nos recherches 

Les maladies liées à l’eau sont un problème de santé publique majeur ainsi qu’un obstacle au développement dans les pays tropicaux. Dans le nord du Laos, l’expansion rapide des plantations de teck (barres brunes, figure de gauche) a considérablement augmenté le ruissellement des eaux chargées de sédiments, entraînant des inondations (image centrale) qui transportent des eaux très turbides sévèrement contaminées par des bactéries pathogènes (graphique de droite).

References

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Burkholderia pseudomallei est un pathogène environnemental endémique dans les sols et les eaux de l’Asie du Sud-Est, responsable de la mélioïdose, une maladie particulièrement grave dont le taux de mortalité varie entre 20 et 50%. La connaissance de la distribution environnementale de B. pseudomallei est le préalable essentiel pour comprendre son écologie et épidémiologie et ainsi permettre des interventions de santé publique. Au Laos, nous développons depuis 2011 un programme multidisciplinaire pour comprendre les facteurs environnementaux qui déterminent l’occurrence et la propagation hydrologique du pathogène.

Ce programme a ainsi révélé la saisonnalité marquée de la contamination du réseau hydrographique au Laos (stations et rivières positives pour B. pseudomallei (points rouges) et négatives (points noirs) pendant la saison sèche (A) et la saison des pluies (B) ; photo de gauche : Dr Sayaphet Rattanavong échantillonnant des sédiments pour la détection environnementale de B. pseudomallei).

Références

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  • Manivanh L., Pierret A., Rattanavong S., Kounnavongsa O., Buisson Y., Elliott I., Maeght J.-L., Xayyathip K., Silisouk J., Vongsouvath M., Phetsouvanh R., Newton P.N., Lacombe G., Ribolzi O., Rochelle-Newall E, Dance, D.A.B. (2017) Burkholderia pseudomallei in a lowland rice paddy: seasonal changes and influence of soil depth and physico-chemical properties. Scientific Reports – Nature, 2017, 7, p. art. 3031 [11 p.]. http://dx.doi.org/10.1038/s41598-017-02946-z
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  • Dance D.A.B., Knappik M., Dittrich S., Viengmon D., Silisouk J., Vongsouvath M., Rattanavong S., Pierret A., Newton P.N., Langla S., Limmathurotsakul D. (2018) Evaluation of consensus method for the culture of Burkholderia pseudomallei in soil samples from Laos. Wellcome Open Research. http://dx.doi.org/ 10.12688/wellcomeopenres.14851.2
  • Liechti N., Zimmermann R.E., Zopfi J., Robinson M., Pierret A., Ribolzi O., Rattanavong S., Davong V., Newton P.N., Wittwer M., Dance D.A.B. (2021) Whole-genome assemblies of 16 Burkholderia pseudomallei isolates from rivers in Laos. Microbiology Resource Announcements, accepted.

Le projet vise à mieux comprendre la synergie entre la qualité de la matière organique (MO) dissoute (MOD) et particulaire (MOP) issue des blooms de cyanobactéries et les communautés microbiennes hétérotrophes (Figure 1). Les expériences conduites en conditions contrôlées (Figure 2) simulaient une fin de bloom de la cyanobactérie Microcystis aeruginosa (M), de la cyanobactérie Aphanizomenon gracile (A) et du mélange des deux (MA), en comparaison à une situation contrôle (C). Nous avons déterminé la contribution des communautés microbiennes hétérotrophes à la dégradation de la MO cyanobactérienne (Figure 3), et si cette contribution pouvait être affectée par (i) le mode de vie de ces microorganismes (libres et attachés), et (ii) la ou les espèce(s) cyanobactérienne(s) majoritaire(s).

Nous avons déterminé la dynamique des microorganismes, en termes de diversité (Figure 4), fonctions et diversité fonctionnelle, en fonction de la nature et de la complexité de la MO. Le suivi des pools de MO dissoute et particulaire nous ont permis d’étudier l’évolution de leurs quantités et qualités chimiques au cours de leur minéralisation (Figure 5).

 

Références

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Les bactéries soft rot sont responsables de pourriture sur un grand nombre de plante (Figure 1). Historiquement, leur isolement était restreint aux plantes malades avec une forte prépondérance d’isolement sur pomme de terre, plante d’intérêt économique majeur (Figure 2). L’élargissement de l’échantillonnage aux eaux de surface du bassin versant de la Durance (Figure 3) a mis en évidence des espèces circulantes non encore répertoriée en France ainsi que des nouvelles espèces négligées ou absentes des plantes malades. Les espèces pathogènes agressives sur plantes sont rares dans l’eau suggérant une adaptation au biome d’isolement. La génomique comparative des espèces permettra de mieux comprendre l’adaptation des espèces à leur biome d’origine ainsi que l’évolution de ce groupe de bactérie.

Pourriture sur pomme de terre
Isolement effectué sur plante : collection CIRM-CFPB
Bassin versant échantillonné

 

 

 

 

 

 

 

 

 

Réferences

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Les amendements organiques, utilisés pour palier à la diminution des teneurs en C des sols ont un impact sur la croissance des plantes et les apports de C d’origine végétale au sol.  Nous avons comparé l’impact d’amendements produits avec et sans minéraux en présence et en l’absence de vers de terre. Le carbone du sol provenant des racines a pu être suivi grâce à des microcosmes où des plantes étaient cultivées sous atmosphère enrichie en 13CO2, dans des mélanges terre plus compost ou lombricompost. Le C des racines était transféré au sol via des microorganismes situés à quelques micromètres des cellules de la racine. Ces microorganismes avaient incorporé plus de carbone dérivé des racines et étaient de plus grande taille dans le traitement avec lombricompost produit en présence de minéraux, ce qui reflète des conditions favorables à la croissance microbienne. Nous avons ainsi montré que la production d’amendement en présence de minéraux (argiles) avec l’action de vers de terre (Eisenia foetida) augmente la biomasse végétale et le transfert de carbone dans le sol.

Référence

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Publications de l'équipe

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RéférenceDOI et liens HALJournalEquipe(s) – Département(s)
​Boithias, L., Y. Auda, S. Audry, J.-P. Bricquet, A. Chanhphengxay`, V. Chaplot, A. de Rouw*, T. H. des Tureaux*, S. Huon*, J.-L. Janeau*, K. Latsachack`, Y. Le Troquer, G. Lestrelin, J.-L. Maeght, P. Marchand, P. Moreau, A. Noble, A. Pando-Bahuon*, K. Phachomphon`, K. Phanthavong`, A. Pierret*, O. Ribolzi, J. Riotte, H. Robain, E. Rochelle-Newall*, S. Sayavong, O. Sengtaheuanghoung`, N. Silvera*, N. Sipaseuth`, B. Soulileuth`, X. Souliyavongsa`, P. Sounyaphong`, S. Tasaketh`, C. Thammahacksa`, J.-P. Thiebaux, C. Valentin*, O. Vigiak, M. Viguier and K. Xayyathip` (2021). “The Multiscale TROPIcal CatchmentS critical zone observatory M-TROPICS dataset II: land use, hydrology and sediment production monitoring in Houay Pano, northern Lao PDR.” Hydrological Processes: e14126.  https://doi.org/10.1002/hyp.14126
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Hydroloigcal Processes
CoMiCDCFE
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Geoderma
CoMiCDCFE
Vidal A., Lenhart T., Dignac M.F*, Biron P.*, Höschen C., Barthod J., Vedere C., Vaury V.*, Bariac T.*, Rumpel C.* (2020): Promoting plant growth and carbon transfer to soil with with organic amendments produced with mineral additives. Geoderma.Volume 374, 1 September 2020, 11445410.1016/j.geoderma.2020.114454
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GeodermaEMSDCFE ;
CoMiCDCFE ;
FESTSols_ZC ;
F2ZCSols_ZC
Boulesnane Y., Leloup J*, Lerch T.Z.*, Roynette A., Pensé-Lhéritier A-M. , MielcarekC. , Changey F.  (2020) ​Impact of sampling and DNA extraction methods on skin microbiota assessment. Journal Microbiol Methods, 171: 105880.
10.1016/j.mimet.2020.105880Journal Microbiol MethodsEMSDCFE ;
CoMiCDCFE ;
BioDISDCFE
Barthod J.~, Dignac M.-F.*, Le Mer G.~, Bottinelli N.*, Watteau F., Kögel-Knabner I., Rumpel C.* (2020) How do earthworms affect organic matter decomposition in the presence of clay-sized minerals? Soil Biology and Biochemistry
10.1016/j.soilbio.2020.107730
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Soil Biology and BiochemistryCoMiCDCFE ;
FESTSols_ZC
Paradelo R., Lerch T.Z.*, Houot S., Dignac M.-F.* (2019) Composting modifies the patterns of incorporation of OC and N from plant residues into soil aggregates. Geoderma, 353: 415-422. 
10.1016/j.geoderma.2019.07.025
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Geoderma
CoMiCDCFE ; BioDISDCFE
Portier P, Pédron J*, Taghouti G`, Fischer-Le Saux M, Caullireau E, Bertrand C^, Laurent A, Chawki K, Oulgazi S`, Moumni M`, Andrivon D​, Dutrieux C, Faure D​, Hélias V, Barny MA* (2019) Elevation of Pectobacterium carotovorum subsp. odoriferum to species level as Pectobacterium odoriferum sp. nov., proposal of Pectobacterium brasiliense sp. nov. and Pectobacterium actinidiae sp. nov., emended description of Pectobacterium carotovorum and description of Pectobacterium versatile sp. nov.,isolated from streams and symptoms on diverse plants. Int J Syst Evol Microbiol. 69(10):3214-2310.1099/ijsem.0.003611
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International Journal of Systematic and Evolutionary MicrobiologyCoMiCDCFE
Lerch T.Z.*, Dignac M.-F.*, Thevenot M., Mguerchi C.°, Houot S. (2019) Chemical changes during composting of plant residues reduce their mineralisation in soil and cancel the priming effect. Soil Biology and Biochemistry, 136: 107525. 
10.1016/j.soilbio.2019.107525
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Soil Biology and Biochemistry
CoMiCDCFE ; BioDISDCFE
Oulghazi S`, Pédron J*, Cigna J, Lau YY, Moumni M`, Van Gijsegem F*, Chan KG, Faure D (2019) Dickeya undicola sp. nov., a novel species for pectinolytic isolates from surface waters in Europe and Asia. Int J Syst Evol Microbiol. 69(8): 2440-244410.1099/ijsem.0.003497
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International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology CoMiCDCFE
Le H.T.~, Rochelle-Newall E.*, Ribolzi O., Janeau J.L.*, Huon S.*, Latsachack K.`, Pommier T. (2020). Land use strongly influences soil organic carbon and bacterial community loss in runoff in tropical Uplands. Land  Degradation Development  DOI: 10.1002/ldr.3433.​10.1002/ldr.3433
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Land Degradation DevelopmentF2ZCSols_ZC ;
CoMiCDCFE ;
FESTSols_ZC
Pédron J*, Van Gijsegem F* (2019) Diversity in the Bacterial Genus Dickeya Grouping Plant Pathogens and Waterways Isolates. OBM Genetics 2019, Volume 3, Issue 4.10.21926/obm.genet.1904098OBM GeneticsCoMiCDCFE
Duong, T. T.`, T. T. H. Hoang`, T. K. Nguyen`, T. P. Q. Le`, N. D. Le`, D. K. Dang`, X. Lu`, M. H. Bui`, Q. H. Trinh`, T. H. V. Dinh`, T. D. Pham` & E. Rochelle-newall, 2019. Factors structuring phytoplankton community in a large tropical river: Case study in the Red River (Vietnam). Limnologica 76:82-93 doi:https://doi.org/10.1016/j.limno.2019.04.003.
10.1016/j.limno.2019.04.003
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LimnologicaCoMiCDCFE
Daviere A, Sotomski M, Audibert A, Carol P*, Hubert S, Lebreton S*, Louvet-Vallee S, Pedron J, PuyaubertJ, Kraepiel Y, Lacoste J.(2019) Synergistic toxicity between glyphosate and 2,4-dinitrophenol on budding yeast is not due to H2O2-mediated oxidative stress. Matters 5 (4), e201903000030
10.19185/matters.201903000030MattersAPCEIPE ;
EMSDCFE ;
CoMiCDCFE
Mugler, C., Ribolzi, O., Janeau, J.L.*, Rochelle-Newall, E.*, Latsachack, K.`, Thammahacksa, C.`, Viguier, M., Jarde, E., Henri-Des-Tureaux*, T., Sengtaheuanghoung, O.`, Valentin, C.*, 2019. Experimental and modelling evidence of short-term effect of raindrop impact on hydraulic conductivity and overland flow intensity. Journal of Hydrology 570, 401-410.10.1016/j.jhydrol.2018.12.046
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Journal of HydrologyFESTSols_ZC ;
F2ZCSols_ZC ;
CoMiCDCFE
Barot, S*., L. Abbadie*, A. Auclerc, C. Barthélémy, E. Bérille, P. Billet, P. Clergeau, J.-N. Consales, M. Deschamp-Cottin, A. David~, C. Devigne, V. Dham, Y. Dusza~, A. Gaillard, E. Gonzalez, M. Hédont, D. Labarraque, A.-M. Le Bastard, J.-L. Morel, Y. Petit-Berghem, E. Rémy, E. Rochelle-Newall* & M. Veyrières, 2019. Urban ecology, stakeholders and the future of ecology. Science of The Total Environment 667:475-484https://doi.org/10.1016/j.scitotenv.2019.02.41010.1016/j.scitotenv.2019.02.410
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Science of The Total EnvironmentCoMiCDCFE ;
EMSDCFE
Pédron J*, Bertrand C^, Taghouti G, Portier P, Barny MA*. (2019) Pectobacterium aquaticum sp. nov., isolated from waterways. Int J Syst Evol Microbiol. 69(3): 745-751​10.1099/ijsem.0.003229
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International Journal of Systematic and Evolutionary MicrobiologyCoMiCDCFE
Essarts YR des, Pédron J*, Blin P, Dijk EV, Faure D, Gijsegem FV* (2019) Common and distinctive adaptive traits expressed in Dickeya dianthicola and Dickeya solani pathogens when exploiting potato plant host. Environmental Microbiology.21(3), 1004–101810.1111/1462-2920.14519
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Environmental MicrobiologyCoMiCDCFE
Alič Š, Pédron J*, Dreo T, Van Gijsegem F* (2019) Genomic characterisation of the new Dickeya fangzhongdai species regrouping plant pathogens and environmental isolates. BMC Genomics. 20(1): 3410.1186/s12864-018-5332-3
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BMC GenomicsCoMiCDCFE
Watteau F., Dignac M.-F.*, Bouchard A., Revallier A., Houot S. 2018. Microplastic detection in soil amended with municipal solid waste composts as revealed by transmission electronic microscopy and Pyrolysis/GC/MS. Frontiers in Sustainable Food Systems, 2: 8110.3389/fsufs.2018.00081
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Frontiers in Sustainable Food SystemsCoMiCDCFE
Ribolzi, O., Lacombe, G., Pierret, A.*, Robain, H.*, Sounyafong, P.`, de Rouw, A.*, Soulileuth, B.`, Mouche, E., Huon, S.*, Silvera, N.*, Latxachak, K.O.`, Sengtaheuanghoung, O.`, Valentin, C.* Interacting land use and soil surface dynamics control groundwater outflow in a montane catchment of the lower Mekong basin. Agric. Ecosyst. Environ. 268, 90–102​10.1016/j.agee.2018.09.005
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Agriculture Ecosystems & EnvironmentF2ZCSols_ZC ;
CoMiCDCFE
Le H.T.~, Rochelle-Newall E.*, Auda Y., Ribolzi O., Sengtaheuanghoung O.’, Thébault E.*, Soulileuth B.’, Pommier T. (2018) Vicinal land use change strongly drives stream bacterial community in a tropical montane catchment. FEMS microbiology ecology, 94, fiy155.​10.1093/femsec/fiy155
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Vicinal land use change strongly drives stream bacterial community in a tropical montane catchment. FEMS microbiology ecologyEERIDCFE ;
CoMiCDCFE
Faye P`, Bertrand C^, Pédron J*, Barny MA* (2018) Draft genomes of “Pectobacterium peruviense” strains isolated from fresh water in France. Stand Genomic Sci. 13: 2710.1186/s40793-018-0332-0
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Standards in Genomic Sciences CoMiCDCFE
Barthod J.~, Rumpel C.*, Calabi-Floody M., Mora M-L., Bolan N., Dignac M-F.* (2018) Adding worms during composting with red mud and fly ash reduces CO2 emissions and increases plant available nutrient contents. Journal of Environmental Management, 222: 207-21510.1016/j.jenvman.2018.05.079
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Journal of Environmental ManagementCoMiCDCFE ;
FESTSols_ZC
Van Gijsegem F*, Bitton F, Laborie A-L, Kraepiel Y*, Pédron J* (2018) Characterization of the early response of Arabidopsis thaliana to Dickeya dadantii infection using expression profiling. bioRxiv 415380; doi: https://doi.org/10.1101/415380​10.1101/415380
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bioRxivCoMiCDCFE ;
EMSDCFE
Sengtaheuanghoung O., Ribolzi O., Rochelle-Newall E. J.*, Boithias L., Evrard O., Henri-des-Tureaux T.*, Huon S.*, Janeau J.-L*., Latsachack K*., Lefèvre I., Mouche E., Robain H.*, de Rouw A.*, Xayyathip K.*, Silvera N.*, Sisouvanh P~., Soulileuth B.*, Sounyafong P*., Thammahacksa C*., Viguier M., Lacombe G., Valentin C. & Pierret. A.*, Interactions between land use, fluxes of water and sediments, and the spread of bacterial contaminants in the uplands of northern Lao PDR. In: Nations, F. A. O. (ed) Proceedings of the Global Symposium on Soil Pollution 2018, Rome, Italy, 2018. FAO, p 976.FAO EditionsCoMiCDCFE ;
BioDISDCFE ;
F2ZCSols_ZC ;
FESTSols_ZC
Nkwain Y.F., Demyan M. S., Rasche F., Dignac M.-F.*, Schulz E., Kätterer T., Müller T., Cadisch G. (2018) Coupling pyrolysis with mid-infrared spectroscopy (Py-MIRS) to fingerprint biochemical quality of soil organic matter. Journal of Analytical and Applied Pyrolysis, 133: 176-18410.1016/j.jaap.2018.04.004
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Journal of Analytical and Applied PyrolysisCoMiCDCFE
Fouilland, E., A. Trottet, C. Alves-de-Souza, D. Bonnet, T. Bouvier, M. Bouvy, S. Boyer, L. Guillou, E. Hatey, H. Jing, C. Leboulanger, E. Le Floc’h, H. Liu, S. Mas, B. Mostajir, J. Nouguier, D. Pecqueur, E. Rochelle-Newall*, C. Roques, C. Salles, M.-G. Tournoud, C. Vasseur & F. Vidussi, 2017. Significant Change in Marine Plankton Structure and Carbon Production After the Addition of River Water in a Mesocosm Experiment. Microbial Ecology 74(2):289-30110.1007/s00248-017-0962-6
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Microbial EcologyCoMiCDCFE
Le, T. P. Q., N. D. Le, V. N. Dao, E. Rochelle-Newall*, T. M. H. Nguyen~, C. Marchand, T. T. Duong & T. X. B. Phung, 2018. Change in carbon flux (1960–2015) of the Red River (Vietnam). Environmental Earth Sciences 77(18):658 doi:10.1007/s12665-018-7851-2.
10.1007/s12665-018-7851-2
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Environmental Earth Sciences CoMiCDCFE
Alic S, Van Gijsegem F,  Pédron J*,  Ravnikar M and  Dreo T (2018) Diversity within the novel Dickeya fangzhongdai sp., isolated from infected orchids, water and pears. Plant Pathology 67: 1612-1620.​10.1111/ppa.12866
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plant pathologyCoMiCDCFE
Rochelle-Newall E.*, Niboyet A.*, Jardillier L., Fiorini S., Chollet S., Llavata M., de Santis E., Barot S.*, Lacroix G.* (2018)Impacts of elevated atmospheric CO2 concentration on terrestrial-aquatic carbon transfer and a downstream aquatic microbial community. Aquatic Sciences, 80, Article Number: 2710.1007/s00027-018-0577-0
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Aquatic SciencesEERIDCFE ;
CoMiCDCFE ;
EMSDCFE
Nguyen, T. M. H.~, G. Billen, J. Garnier, T. P. Q. Le, Q. L. Pham, S. Huon* & E. Rochelle Newall*, 2018. Organic carbon transfers in the subtropical Red River system (Viet Nam): insights on CO2 sources and sinks. Biogeochemistry 138(3):277-295.
10.1007/s10533-018-0446-x
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BiogeochemistryCoMiCDCFE ;
F2ZCSols_ZC
Barthod J.~, Rumpel C.*, Dignac M-F.* (2018) Improving the environmental footprint and properties of compost and vermicomposts through mineral, organic and biological additives. A review. Agronomy for Sustainable Development, 38:17​10.1007/s13593-018-0491-9
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Agronomy for Sustainable DevelopmentCoMiCDCFE ;
FESTSols_ZC
Pédron J*, Chapelle E, Alunni B, Van Gijsegem F* (2018) Transcriptome analysis of the Dickeya dadantii PecS regulon during the early stages of interaction with Arabidopsis thaliana. Mol Plant Pathol. 19(3): 647-663​10.1111/mpp.12549
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Molecular Plant PathologyCoMiCDCFE
Toussaint A., Van Gijsegem F.* (2017) Extension of the transposable bacterial virus family: two genomic organisations among phages and prophages with a Tn552-related transposase. Research in Microbiology, 169: 9

10.1016/j.resmic.2017.11.002
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research in microbiologyCoMiCDCFE
Pengerud A., Dignac M.-F.*, Certini G., Strand L.T., Forte C., Rasse D.P. (2017) Soil organic matter molecular composition and state of decomposition in three locations of the European Arctic. Biogeochemistry 135: 277–292. 10.1007/s10533-017-0373-2
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BiogeochemistryCoMiCDCFE
Rochelle Newall, E*., L. Boithias, C. Bouet*, O. Malam-Issa*, A. Pierret*, O. Ribolzi & E. Roberts, 2017. Accès à l’eau, usage des terres et dégradation des sols: un triptyque qui favorise l’émergence des maladies diarrhéiques. In Loireau, M. & N. Ben Khatra (eds) Désertification et Système Terre, de la (re)connaissance à l’action//Liason Energie-Francophonie. vol 106. Institut de la Francophonie pour le Developpement Durable et l’Organisation International de la Francophonie, Quebec, Canada, 83-85.

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Liason Energie-FrancophonieF2ZCSols_ZC ;
CoMiCDCFE
Morris C., Barny MA.*, Berge O., Kinkel LL.,  and Lacroix C.(2017) Frontiers for research on the ecology of plant pathogenic bacteria: Fundamentals for sustainability. Mol plant pathol : 18(2)10.1111/mpp.12508
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molecular plant pathologyCoMiCDCFE
Ribolzi O., Evrard O., Huon S.*, de Rouw A.*, Silvera N.*, Latsachack K.O.`, Soulileuth B.`, Lefèvre I., Pierret A.*, Lacombe G., Sengtaheuanghoung O.`, Valentin C.* (2017) From shifting cultivation to teak plantation: effect on overland flow and sediment yield in a montane tropical catchment. Scientific Reports, 7: 398710.1038/s41598-017-04385-2
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Scientific ReportsF2ZCSols_ZC ;
CoMiCDCFE ;
FESTSols_ZC
Lerch T.Z.*, Chenu C., Dignac M.-F.*, Barriuso E., Mariotti A. (2017) Biofilm vs planktonic lifestyle: consequences on pesticide 2,4-D biodegradation by Cupriavidus necator JMP134.  Frontiers in Microbiology 8 : 90
10.3389/fmicb.2017.00904
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Frontiers in Microbiology
BioDISDCFE ; CoMiCDCFE
Kim, M.`, L. Boithias, K. H. Cho`, N. Silvera, C. Thammahacksa, K. Latsachack*, E. Rochelle-Newall*, O. Sengtaheuanghoung, A. Pierret*, Y. A. Pachepsky & O. Ribolzi, 2017. Hydrological modeling of Fecal Indicator Bacteria in a tropical mountain catchment. Water Research 119:102-113 doi:https://doi.org/10.1016/j.watres.2017.04.038.10.1016/j.watres.2017.04.038
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Water ResearchCoMiCDCFE ;
F2ZCSols_ZC
Manivanh, L`., A. Pierret*, S. Rattanavong`, O. Kounnavongsa, Y`. Buisson, I. Elliott, J.-L. Maeght*, K. Xayyathip`, J. Silisouk`, M. Vongsouvath`, R. Phetsouvanh`, P. N. Newton, G. Lacombe, O. Ribolzi, E. Rochelle-Newall* & D. A. B. Dance, 2017. Burkholderia pseudomallei in a lowland rice paddy: seasonal changes and influence of soil depth and physico-chemical properties. Scientific Reports 7:3031 doi:10.1038/s41598-017-02946-z.​10.1038/s41598-017-02946-z
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Scientific ReportsCoMiCDCFE ;
F2ZCSols_ZC
Le, T. P. Q., V. N. Dao°, E. Rochelle-Newall*, J. Garnier, X. Lu, G. Billen, T. T. Duong, C. T. Ho, H. Etcheber, T. M. H. Nguyen~, T. B. N. Nguyen, B. T. Nguyen, N. Da Le & Q. L. Pham, 2017. Total organic carbon fluxes of the Red River system (Vietnam). Earth Surface Processes and Landforms 42:1329-1341 doi:10.1002/esp.4107.10.1002/esp.4107Earth Surface Processes and LandformsCoMiCDCFE
Van Gijsegem F.*, Pédron J.*, Patrit O., Simond-Côte E., Maia-Grondard A., Pétriacq P., Gonzalez R., Blottière L.^, Kraepiel Y.* (2017) Manipulation of ABA content in Arabidopsis thaliana modifies sensitivity and oxidative stress response to Dickeya dadantii and influences peroxidase activity. Front. Plant Sci.: 8 : 45610.3389/fpls.2017.00456
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Front. Plant SciEMSDCFE ;
CoMiCDCFE
Pancrace P., Barny MA.*, Ueoka R., Calteau A., Scalvenzi T., Pédron J.*, Barbe V., Piel J., Humbert JF.*, Gugger M (2017) Insights into the Planktothrix genus: Genomic and metabolic comparison of benthic and planktic strains. Scientific reports.7, 4118110.1038/srep41181
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Scientific reportsCoMiCDCFE

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Membres de l'équipe

Nom PrénomCorpsEmployeurDépartement et ÉquipeAdresseTéléphoneMél
BARNY Marie-AnneDRINRAEÉquipe CoMiC du Département DCFEJussieu
Tour 44-45 – 4 étage – bureau : 408
(+33) 01 44 27 32 94marie-anne.barny@upmc.fr
BEN MOUSSA HajarDoctoranteSorbonne UniversitéÉquipe CoMiC du Département DCFECampus Pierre et Marie Curie – Paris 5e
Tour 44-45 – 4e étage – bureau : 413
(+33) 01 44 27 23 49hajar.ben_moussa@etu.upmc.fr
DIGNAC Marie-FranceDRINRAEÉquipe CoMiC du Département DCFECampus Pierre et Marie Curie – Paris 5e
Tour 44-34 – 5e étage – bureau : 504
(+33) 01 44 27 51 71marie-france.dignac@inrae.fr
GASQUE Mégane
Doctorante
IRD
Équipe CoMiC du Département DCFE
Campus Pierre et Marie Curie – Paris 5e
Tour 44-45 – 4e étage – bureau : 0
(+33) 06 25 95 72 52
megane.gasque@ird.fr
HUMBERT Jean-FrancoisDRINRAEÉquipe CoMiC du Département DCFECampus Pierre et Marie Curie – Paris 5e
Tour 44-45 – 4e étage – bureau : 511
(+33) 01 44 27 41 67jean-francois.humbert@upmc.fr
LAMY Dominique
MC
Sorbonne Université
Équipe CoMiC du Département DCFE
Campus Pierre et Marie Curie – Paris 5e
Tour 44-45 – 4e étage – bureau : 408
(+33) 01 44 27 32 94
dominique.lamy@sorbonne-universite.fr
MITROI VeronicaCDD ChercheurSorbonne UniversitéÉquipe CoMiC du Département DCFECampus Pierre et Marie Curie – Paris 5e
Tour 44-45 – 4e étage – bureau : 410
(+33) 01 44 27 41 67veronica.mitroi@enpc.fr
PEDRON JacquesMCSorbonne UniversitéÉquipe CoMiC du Département DCFECampus Pierre et Marie Curie – Paris 5e
Tour 44-45 – 4e étage – bureau : 410
(+33) 01 44 27 41 67jacques.pedron@upmc.fr
PIERRET AlainCRIRDÉquipe CoMiC du Département DCFEDepartement of Agricultural Land Management (DALaM)
– – – étage – bureau : –
(+ 856) 20 52 97 60 04alain.pierret@ird.fr
ROCHELLE-NEWALL EmmaDRIRDÉquipe CoMiC du Département DCFE
Campus Pierre et Marie Curie – Paris 5e
Tour 44-45 – 4e étage – bureau : 404
(+33) 01 44 27 38 26
emma.rochelle-newall@ird.fr
TREVISAN DominiqueIRINRAEÉquipe CoMiC du Département DCFECampus Pierre et Marie Curie – Paris 5e
Tour 44-45 – 4e étage – bureau : 1
(+33) 01 44 27 32 11dominique.trevisan@inrae.fr
VAN GIJSEGEM FrederiqueCRINRAEÉquipe CoMiC du Département DCFECampus Pierre et Marie Curie – Paris 5e
Tour 44-45 – 4e étage – bureau : 408
(+33) 01 44 27 32 94vangijse@agroparistech.fr

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