Équipe Communautés Microbiennes dans les écosystèmes Continentaux "CoMiC"

L’équipe CoMiC étudie les communautés microbiennes des écosystèmes continentaux terrestres et aquatiques dans un cadre interdisciplinaire qui allie la microbiologie, la génomique comparative, la métagénomique, la chimie, l’écologie, la santé, les sciences de l’environnement et les sciences sociales.

Plus précisément, nos recherches portent sur (i) la vulnérabilité des communautés microbiennes aux perturbations et polluants induits par l’activité humaine (ii), les flux et la diversité des pathogènes (des humains ou des plantes) dans l’environnement, (iii) le développement de nouveaux outils de surveillance des écosystèmes aquatiques et de nouvelles approches pour assurer une gestion durable de ces écosystèmes.

Notre travail, structuré autour du concept « one health/ecohealth », se développe sur deux axes principaux :

Biodiversité structurelle et fonctionnelle des communautés microbiennes, leurs interactions et leurs rôles dans la fonction des écosystèmes où nous étudions :

Prolifération de cyanobactéries — Légende : prolifération de cyanobactéries potentiellement toxiques dans la lagune Aghien (Côte d’Ivoire) – J.-F. HUMBERT, INRA 2017

La relation entre la structure et la composition des communautés microbiennes et les flux de carbone organique et d’azote ou de polluants dans les écosystèmes.
L’impact des changements locaux et globaux sur la dynamique et la structure des communautés microbiennes et sur les processus microbiens impliqués dans la dynamique des cycles C et N.
Les conséquences de ces changements dans les communautés microbiennes sur les services écosystémiques rendus par les écosystèmes et sur les usages qui en sont faits.

Qualité écologique des écosystèmes continentaux- (dys)-fonctionnement des communautés microbiennes et risques associés pour la santé humaine et la production végétale où nous étudions :

Eaux de surface non traitées — Utilisation domestique d’eaux de surface non traitées. – O. RIBOLZI, IRD 2014

La relation entre la qualité écologique des écosystèmes continentaux (matière organique, niveau trophique, structure et composition des communautés microbiennes, …) et la survie et/ou le développement de bactéries pathogènes pour les plantes ou les humains.
Les proliférations de cyanobactéries dans les écosystèmes aquatiques continentaux et la production de toxines, depuis la compréhension des processus (mise en place, synergie avec les micro-organismes hétérotrophes…) jusqu’à la mise au point d’outils de surveillance de ces proliférations et le développement de nouvelles approches pour la gestion des écosystèmes aquatiques.
Les risques d’exposition humaine aux pathogènes bactériens et aux toxines des cyanobactéries en relation avec les usages des sols et des milieux aquatiques.
L’adaptation des pathogènes à l’environnement par des approches de génomique comparative

Dans un contexte de changement global et local présent et futur, les chercheurs de CoMiC visent à :

placer leur travail dans un cadre théorique et conceptuel solide ;
apporter des réponses ciblées aux besoins spécifiques de la société et des parties prenantes dans les pays développés, émergents et en développement.

Les membres de l’équipe ont tous une forte implication dans les activités d’enseignement, en particulier à Sorbonne Université, mais aussi dans d’autres Universités (UPEC, Université de Paris) ou dans les écoles agronomiques (Agroparistech, ISARA de Lyon) ainsi que dans les pays du Sud (Côte d’Ivoire, Ouganda, Laos, Niger, Sénégal, Vietnam, Thaïlande) et dans la formation continue des chercheurs et personnels scientifiques des pays du Sud.

Quelques exemples de nos recherches

Plantation de teck et pathogènes

Les maladies liées à l’eau sont un problème de santé publique majeur ainsi qu’un obstacle au développement dans les pays tropicaux. Dans le nord du Laos, l’expansion rapide des plantations de teck (barres brunes, figure de gauche) a considérablement augmenté le ruissellement des eaux chargées de sédiments, entraînant des inondations (image centrale) qui transportent des eaux très turbides sévèrement contaminées par des bactéries pathogènes (graphique de droite).

References

Distribution environnementale d’un pathogène humain : B. pseudomallei

Burkholderia pseudomallei est un pathogène environnemental endémique dans les sols et les eaux de l’Asie du Sud-Est, responsable de la mélioïdose, une maladie particulièrement grave dont le taux de mortalité varie entre 20 et 50%. La connaissance de la distribution environnementale de B. pseudomallei est le préalable essentiel pour comprendre son écologie et épidémiologie et ainsi permettre des interventions de santé publique. Au Laos, nous développons depuis 2011 un programme multidisciplinaire pour comprendre les facteurs environnementaux qui déterminent l’occurrence et la propagation hydrologique du pathogène.

Ce programme a ainsi révélé la saisonnalité marquée de la contamination du réseau hydrographique au Laos (stations et rivières positives pour B. pseudomallei (points rouges) et négatives (points noirs) pendant la saison sèche (A) et la saison des pluies (B) ; photo de gauche : Dr Sayaphet Rattanavong échantillonnant des sédiments pour la détection environnementale de B. pseudomallei).

Références

Projet SaMbA (Synergie entre matière organique d’origine phytoplanctonique et communautés Microbiennes libres et Attachées)

Le projet vise à mieux comprendre la synergie entre la qualité de la matière organique (MO) dissoute (MOD) et particulaire (MOP) issue des blooms de cyanobactéries et les communautés microbiennes hétérotrophes (Figure 1). Les expériences conduites en conditions contrôlées (Figure 2) simulaient une fin de bloom de la cyanobactérie Microcystis aeruginosa (M), de la cyanobactérie Aphanizomenon gracile (A) et du mélange des deux (MA), en comparaison à une situation contrôle (C). Nous avons déterminé la contribution des communautés microbiennes hétérotrophes à la dégradation de la MO cyanobactérienne (Figure 3), et si cette contribution pouvait être affectée par (i) le mode de vie de ces microorganismes (libres et attachés), et (ii) la ou les espèce(s) cyanobactérienne(s) majoritaire(s).

Nous avons déterminé la dynamique des microorganismes, en termes de diversité (Figure 4), fonctions et diversité fonctionnelle, en fonction de la nature et de la complexité de la MO. Le suivi des pools de MO dissoute et particulaire nous ont permis d’étudier l’évolution de leurs quantités et qualités chimiques au cours de leur minéralisation (Figure 5).

Références

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Swan, B.K., Martinez-Garcia, M., Preston, C.M., Sczyrba, A., Woyke, T., Lamy, D., Reinthaler, T., Poulton, N.J., Masland, E.D.P., Lluesma Gomez, M., Sieracki, M.E., DeLong, E.F., Herndl, G.J, Stepanauskas, R. (2011). Ubiquitous dark ocean bacteria fix carbon and contain RuBisCO and sulfur oxidation genes. Science, 333:1296-1300.
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Espèces pathogènes et biomes d’isolement : un exemple chez les pathogènes de plantes

Les bactéries soft rot sont responsables de pourriture sur un grand nombre de plante (Figure 1). Historiquement, leur isolement était restreint aux plantes malades avec une forte prépondérance d’isolement sur pomme de terre, plante d’intérêt économique majeur (Figure 2). L’élargissement de l’échantillonnage aux eaux de surface du bassin versant de la Durance (Figure 3) a mis en évidence des espèces circulantes non encore répertoriée en France ainsi que des nouvelles espèces négligées ou absentes des plantes malades. Les espèces pathogènes agressives sur plantes sont rares dans l’eau suggérant une adaptation au biome d’isolement. La génomique comparative des espèces permettra de mieux comprendre l’adaptation des espèces à leur biome d’origine ainsi que l’évolution de ce groupe de bactérie.

Isolement effectué sur plante : collection CIRM-CFPB

Réferences

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Les amendements organiques produits en présence de minéraux et de vers de terre augmentent la biomasse végétale et le transfert de carbone des racines au sol

Les amendements organiques, utilisés pour palier à la diminution des teneurs en C des sols ont un impact sur la croissance des plantes et les apports de C d’origine végétale au sol. Nous avons comparé l’impact d’amendements produits avec et sans minéraux en présence et en l’absence de vers de terre. Le carbone du sol provenant des racines a pu être suivi grâce à des microcosmes où des plantes étaient cultivées sous atmosphère enrichie en 13CO2, dans des mélanges terre plus compost ou lombricompost. Le C des racines était transféré au sol via des microorganismes situés à quelques micromètres des cellules de la racine. Ces microorganismes avaient incorporé plus de carbone dérivé des racines et étaient de plus grande taille dans le traitement avec lombricompost produit en présence de minéraux, ce qui reflète des conditions favorables à la croissance microbienne. Nous avons ainsi montré que la production d’amendement en présence de minéraux (argiles) avec l’action de vers de terre (Eisenia foetida) augmente la biomasse végétale et le transfert de carbone dans le sol.

Référence

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Actualités de l'équipe

IRD – Parution de trois « chroniques hydro-météorologiques et géochimiques » issues d’observatoires de l’environnement en Inde, au Cameroun et au Laos.

Une équipe regroupant des chercheurs, ingénieurs et techniciens des laboratoires...

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Publications de l'équipe

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Référence	Liens	Journal	Equipes et départements
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Erktan, A., Coq, S., Blanchart, E., Chevallier, T., Trap, J., Bernard, L., Nahmani, J., Hartmann, C., Hedde, M., Ganaulat, P., Barot, S., Cortet, J. and, 2022. Biodiversité et structure physique des sols : une vision spatialisée du fonctionnement des sols. Etude et Gestion des Sols 29, 153–167.		Etude et Gestion des Sols	BioDIS – DCFE ; CoMiC – DCFE ; EERI – DCFE ; EMS – DCFE ; EPE – EcoEvo ; F2ZC – Sols_ZC ; FEST – Sols_ZC
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Dignac M.-F*., Maurin C. (2022) La construction d’un collectif scientifique créatif et bienveillant par la mobilisation des émotions et des sens à travers les liens sciences-art : le Réseau Matières Organiques. Etude et Gestion des sols 30, 19-31.	🔗 HAL 🔗 pdf	Etude et Gestion des sols	CoMiC – DCFE
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Boithias, L.; Ribolzi, O.; Rochelle-Newall, E.; Thammahacksa, C.; Nakhle, P.; Soulileuth, B.; Pando-Bahuchon, A.; Latsachack, K.; Silvera, N.; Sounyafong, P.; Xayyathip, K.; Zimmermann, R.; Rattanavong, S.; Oliva, P.; Pommier, T.; Evrard, O.; Huon, S.; Causse, J.; Henry-des-Tureaux, T.; Sengtaheuanghoung, O.; Sipaseuth, N.; Pierret, A. (2022) Escherichia coli concentration, multiscale monitoring over the decade 2011-2021 in the Mekong River basin, Lao PDR. EARTH SYSTEM SCIENCE DATA, 14(6), 2883-2894	10.5194/essd-14-2883-2022 🔗 HAL 🔗 pdf	EARTH SYSTEM SCIENCE DATA	CoMiC – DCFE ; BioDIS – DCFE ; F2ZC – Sols_ZC
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Audry, S., H. Ateba Bessa, J.-P. Bedimo Bedimo, J.-L. Boeglin, L. Boithias, J.-J. Braun, B. Dupre, M. Faucheux, C. Lagane, J.-C. Marechal, J. R. Ndam-Ngoupayou`, B. Nka Nnomo`, J. Nlozoa`, J.-C. Ntonga`, O. Ribolzi, J. Riotte, E. Rochelle-Newall* and L. Ruiz (2021). “The Multiscale TROPIcal CatchmentS critical zone observatory M-TROPICS dataset I: The Nyong River Basin, Cameroon.” Hydrological Processes: e14138.	10.1002/hyp.14138 🔗 HAL	Hydrological Processes	CoMiC – DCFE
Riotte, J., Ruiz, L., Audry, S., Baud, B., Bedimo Bedimo, J.-P., Boithias, L., Braun, J.-J., Dupre, B., Faucheux, M., Lagane, C., Marechal, J.-C., Moger, H., Mohan Kumar, M.S.`, Parate, H., Ribolzi, O., Rochelle-Newall, E.*, Sriramulu, B.`, Varma, M.R.R.` and Sekhar, M`. 2021. The Multiscale TROPIcal CatchmentS critical zone observatory M-TROPICS dataset III: hydro-geochemical monitoring of the Mule Hole catchment, south India. 2021. Hydrological Processes, e14196.	10.1002/hyp.14196 🔗 HAL	Hydrological Processes	CoMiC – DCFE
Olokotum M., Troussellier M., Escalas A., Hamlaoui S., Okello W., Semyalo R., Humbert J.F.*, Bernard C. (2021) High nutrient loading and climatic parameters influence the dominance and dissimilarity of toxigenic cyanobacteria in northern bays of Lake Victoria. Journal of Grat Lakes Research 47, 985–996	10.1016/j.jglr.2021.04.021 🔗 HAL 🔗 pdf	Journal of Great Lakes Research	CoMiC – DCFE
Mathias Koffi Ahoutou, Rosine Yao Djeha, Eric Kouamé Yao, Catherine Quiblier, Julie Niamen-Ebrottié, Sahima Hamlaoui, Kevin Tambosco^, Jean-Louis Perrin, Marc Troussellier, Cécile Bernard, Luc Seguis, Marc Bouvy, Jacques Pédron, Felix Koffi Konan, Jean-François Humbert, Julien Kalpy Coulibaly (2021) Assessment of some key indicators of the ecological status of an African freshwater lagoon (Lagoon Aghien, Ivory Coast). Plos One,	10.1371/journal.pone.0251065 🔗 HAL 🔗 pdf	PLoS ONE	CoMiC – DCFE
Noémie Pascault, Olivier Rué, Valentin Loux, Jacques Pédron, Véronique Martin, Jennifer Tambosco, Cécile Bernard, Jean‐François Humbert, Julie Leloup* (2021) Insights into the cyanosphere: capturing the respective metabolisms of cyanobacteria and chemotrophic bacteria in natural conditions? Env. Mic. Reports.	10.1111/1758-2229.12944 🔗 HAL	Environmental Microbiology Reports	CoMiC – DCFE ; EMS – DCFE
Michelet C., Zeppili D., Hubas C., Baldrighi E., Cuny P., Dirberg G., Militon C., Lamy D.*, Jézéquel R., Receveur J., Gilbert F., El Houssainy A., Dufour A., Heimbürger-Boavida L.-E., Bihannic I., Sylvi L., Vivier B., Michaud E. (2021) First assessment of the benthic meiofauna sensitivity to low human-impacted mangroves in french Guiana. Forests, 12:338	10.3390/f12030338 🔗 HAL 🔗 pdf	forests	CoMiC – DCFE
Laurie Boithias, Yves Auda, Stéphane Audry, Jean-Pierre Bricquet, Alounsavath Chanhphengxay`, Vincent Chaplot, Anneke de Rouw, Thierry Henry des Tureaux, Sylvain Huon, Jean-Louis Janeau, Keooudone Latsachack`, Yann Le Troquer, Guillaume Lestrelin, Jean-Luc Maeght, Pierre Marchand, Pierre Moreau, Andrew Noble, Anne Pando-Bahuon, Kongkeo Phachomphon`, Khambai Phanthavong`, Alain Pierret, Olivier Ribolzi, Jean Riotte, Henri Robain, Emma Rochelle-Newall, Saysongkham Sayavong`, Oloth Sengtaheuanghoung`, Norbert Silvera, Nivong Sipaseuth`, Bounsamay Soulileuth`, Xaysatith Souliyavongsa`, Phapvilay Sounyaphong`, Sengkeo Tasaketh`, Chanthamousone Thammahacksa`, Jean-Pierre Thiebaux, Christian Valentin*, Olga Vigiak, Marion Viguier^, Khampaseuth Xayyathip`.(2021) The Multiscale TROPIcal CatchmentS critical zone observatory M-TROPICS dataset II: Land use, hydrology and sediment production monitoring in Houay Pano, northern Lao PDR. Hydrological Processes. 2021;35:e14126.	10.1002/hyp.14126 🔗 HAL	Hydrological Processes	BioDIS – DCFE ; CoMiC – DCFE ; F2ZC – Sols_ZC ; FEST – Sols_ZC
Mügler, C., O. Ribolzi, M. Viguier, J.-L. Janeau, E. Jardé, K. Latsachack`, T. Henry-Des-Tureaux, C. Thammahacksa`, C. Valentin, O. Sengtaheuanghoung` and E. Rochelle-Newall (2021). “Experimental and modelling evidence of splash effects on manure borne Escherichia coli washoff.” Environmental Science and Pollution Research: 1-12.	10.1007/s11356-021-13011-8 🔗 HAL	Environmental Science and Pollution Research	CoMiC – DCFE ; F2ZC – Sols_ZC ; FEST – Sols_ZC
David, G. M., P. López-García, D. Moreira, B. Alric, P. Deschamps, P. Bertolino, G. Restoux, E. Rochelle-Newall, E. Thébault, M. Simon and L. Jardillier “Small freshwater ecosystems with dissimilar microbial communities exhibit similar temporal patterns.” Molecular Ecology	10.1111/mec.15864 🔗 HAL 🔗 pdf	Molecular Ecology	CoMiC – DCFE ; EERI – DCFE
Sisouvanh P’, Trelo-Ges V’., Isarangkool Na Ayutthaya S’., Pierret A., Nunan N., Silvera N., Xayyathip K’., Hartmann C. (2021) Can organic amendments improve soil physical characteristics and increase maize performances in contrasting soil water regimes? Agriculture, 11, 132.	10.3390/agriculture11020132 🔗 HAL 🔗 pdf	Agriculture	CoMiC – DCFE ; BioDIS – DCFE ; F2ZC – Sols_ZC
Nakhle P., Ribolzi O., Boithias L., Rattanavong S.’, Auda Y., Sayavong S.’, Zimmermann R.E., Soulileuth B.’, Pando A., Tammahacksa C’., Rochelle-Newall E., Santinin W., Martinez J.-M., Gratiot N., Pierret A.* (2021) Effects of hydrological regime and land use on in-stream Escherichia coli concentration in the Mekong basin, Lao PDR, Scientific Reports – Nature 11:3460	10.1038/s41598-021-82891-0 🔗 HAL 🔗 pdf	Scientific Reports	BioDIS – DCFE ; CoMiC – DCFE
David F,Meziane T, Marchad C, Rollang, G, Pham, A, Thanh-Nho N, Lamy D.* (2021) Prokaryotic abundance, cell size and extracellulare enzymatic activity in a human impacted and mangrove dominated tropical estuary (Can Gio, Vietnam). Estuarine, Coastal and Shelf Science, 251: 107253, 0.1016/j.ecss.2021.107253	10.1016/j.ecss.2021.107253 🔗 HAL 🔗 pdf	Estuarine coastal and shelf science	CoMiC – DCFE
Boithias, L., O. Ribolzi, G. Lacombe, C. Thammahacksa, N. Silvera, K. Latsachack, B. Soulileuth, M. Viguier, Y. Auda, E. Robert, O. Evrard, S. Huon, T. Pommier, C. Zouiten, O. Sengtaheuanghoung` and E. Rochelle-Newall (2021). “Quantifying the effect of overland flow on Escherichia coli pulses during floods: Use of a tracer-based approach in an erosion-prone tropical catchment.” Journal of Hydrology 594: 125935.	10.1016/j.jhydrol.2020.125935 🔗 HAL 🔗 pdf	Journal of Hydrology	CoMiC – DCFE ; F2ZC – Sols_ZC
Liechti N., Zimmermann R.E., Zopfi J., Robinson M., Pierret A*, Ribolzi O., Rattanavong S’., Davong V.’, Newton P.N., Wittwer M., Dance D.A.B. (2021) Whole-genome assemblies of 16 Burkholderia pseudomallei isolates from rivers in Laos. Microbiol Resour Announc 10:e01226-20,	10.1128/MRA.01226-20 🔗 HAL 🔗 pdf	Microbiology Resources Announcements	CoMiC – DCFE
Desquilbet M., Gaume L., Grippa M., Céréghino R., Humbert J.F.*, Bonmatin J.M., Cornillon P.A., Maes D., Van Dyck H., Goulson D. (2020) Comment on “Meta-analysis reveals declines in terrestrial but increases in freshwater insect abundances”. Science	10.1126/science.abd8947 🔗 HAL 🔗 pdf	Science	CoMiC – DCFE
Ahi C. K., Mitroi V.^, Deroubaix, J.-F., Jonas, I. 2020. L’émergence des risques socio-environnementaux en lien avec les pratiques d’assainissement et les usages de l’eau de la lagune Aghien en Côte d’Ivoire. African Sociological Review, 24, 2, 119-145.		African Sociological Review	CoMiC – DCFE
Anh, H. Q., T. P. Q. Le`, N. Da Le, X. X. Lu, T. T. Duong`< /span>, J.Garnier, E. Rochelle-Newall*, S. Zhang, N.-H. Oh, C. Oeurng`, C. Ekkawatpanit, T. D. Nguyen, Q. T. Nguyen, T. D. Nguyen, T. N. Nguyen, T. L. Tran, T. Kunisue, R. Tanoue, S. Takahashi, T. B. Minh, H. T. Le, T. N. M. Pham and T. A. H. Nguyen (2020). “Antibiotics in surface water of East and Southeast Asian countries: A focused review on contamination status, pollution sources, potential risks, and future perspectives.” Science of The Total Environment: 142865	10.1016/j.scitotenv.2020.142865	Science of the Total Environment	CoMiC – DCFE
Portier P., Pédron J., Taghouti G., Dutrieux C., Barny MA. (2020) Updated taxonomy of Pectobacterium genus in the CIRM-CFBP bacterial collection: when newly described species reveal “old” endemic population. Microorganism 8 :1441	10.3390/microorganisms8091441 🔗 HAL	Microorganisms	CoMiC – DCFE
Mitroi V.^, Ahi K.C.~, Bulot P.Y., Tra F., Deroubaix J.F., Ahoutou M.K., Quiblier C., Kone M., Kalpy J.C., Humbert J.F.* (2020) Can participatory approaches strengthen the monitoring of cyanobacterial blooms in developing countries? Results from a pilot study conducted in the Lagoon Aghien (IvoryCoast). Plos One 15, e0238832	10.1371/journal.pone.0238832 🔗 HAL 🔗 pdf	Plos One	CoMiC – DCFE
Song, L.’, Boithias, L., Sengtaheuanghoung, O.’, Oeurng C.’, Valentin C., Souksavath B’., Sounyafong P.’, De Rouw A., Soulileuth B.’, Silvera N., Lattanavongkhot B.’, Pierret A., Ribolzi O. (2020) Understorey vegetation limits surface runoff and soil loss in teak plantation-based systems of Northern Lao PDR. Water	10.3390/w12092327	Water	CoMiC – DCFE ; F2ZC – Sols_ZC
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Pédron J., Guyon L., Lecomte A.°, Blottière L.^, Chandeysson C., Rochelle-Newall E., Raynaud X., Berge O., Barny MA. (2020) Comparison of Environmental and Culture-Derived Bacterial Communities through 16S Metabarcoding: A Powerful Tool to Assess Media Selectivity and Detect Rare Taxa. Microorganisms 27:E1129	10.3390/microorganisms8081129 🔗 HAL 🔗 pdf	Microorganisms	CoMiC – DCFE ; EMS – DCFE
El Hayany B., El Fels L., Dignac M.-F., Quenea K., Rumpel C., Hafidi M. (2020) Pyrolysis-GCMS as a tool for maturity evaluation of compost from sewage sludge and green waste. Waste and biomass Valorization.	10.1007/s12649-020-01184-1 🔗 HAL	Waste and Biomass Valorization	CoMiC – DCFE ; FEST – Sols_ZC
Panettieri M., Courtier-Murias D., Rumpel C.,* Dignac M.-F.*, Almendros G., Chabbi A. 2020. Land-use perturbations in ley grassland decouple the degradation of ancient soil organic matter from the storage of newly derived carbon inputs. SOIL Discussions, 1-31.	10.5194/soil-2020-16 🔗 HAL	SOIL Discussions	CoMiC – DCFE ; FEST – Sols_ZC
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Le Mer G.~, Barthod J.~, Dignac M.-F.,* Barré P., Baudin F., Rumpel C.* 2020. Inferring earthworms’ impact on the stability of organo-mineral associations by Rock-Eval pyrolysis and 13C NMR spectroscopy. Organic Geochemistry, 104016.	10.1016/j.orggeochem.2020.104016 🔗 HAL	Organic Geochemistry	CoMiC – DCFE ; FEST – Sols_ZC
Wood S.A., Kelly L.T., Bouma-Gregson K., Humbert J.F.*, LaughinghouseH.D., Lazorchak J., McAllister T.G., McQueen A., Pokrzywinski K., Puddick J., Quiblier C., Reitz L.A., Ryan K.G., Vadeboncoeur Y., ZastepaA., Davis T.W. (2020) Toxic benthic freshwater cyanobacterial proliferations: Challenges and solutions for enhancing knowledge and improving monitoring and mitigation Freshwater Biology 65:1824–1842	10.1111/fwb.13532 🔗 HAL 🔗 pdf	Freshwater Biology	CoMiC – DCFE
Olokotum M., Mitroi V.^, Troussellier M., Semyalo R., Bernard C., Montuelle B., Okello W., Quiblier C., Humbert J.F. (2020) A review of the socioecological causes and consequences of cyanobacterial blooms in Lake Victoria. Harmful Algae 96, 101829	10.1016/j.hal.2020.101829 🔗 HAL 🔗 pdf	Harmful Algae	CoMiC – DCFE
Vidal A., Lenhart T., Dignac M.F, Biron P., Höschen C., Barthod J., Vedere C., Vaury V., Bariac T., Rumpel C.* (2020): Promoting plant growth and carbon transfer to soil with with organic amendments produced with mineral additives. Geoderma 374:114454	10.1016/j.geoderma.2020.114454 🔗 HAL	Geoderma	EMS – DCFE ; CoMiC – DCFE ; FEST – Sols_ZC ; F2ZC – Sols_ZC
Sayavong, S’., Kaewjampa, N’., Katawatin, R’., Boonthai Iwai C’., Moukomla S.’, Oszwald J., Pierret A*. (2020) Recent Co-occurring Expansion of Rubber Tree Plantations and Land Use/Land Cover Change in Luangnamtha District, Northern Laos. International Journal of Geoinformatics, 16(1), 85-101		International Journal of Geoinformatics	CoMiC – DCFE
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Portier P, Pédron J, Taghouti G`, Fischer-Le Saux M, Caullireau E, Bertrand C^, Laurent A, Chawki K, Oulgazi S`, Moumni M`, Andrivon D, Dutrieux C, Faure D, Hélias V, Barny MA (2019) Elevation of Pectobacterium carotovorum subsp. odoriferum to species level as Pectobacterium odoriferum sp. nov., proposal of Pectobacterium brasiliense sp. nov. and Pectobacterium actinidiae sp. nov., emended description of Pectobacterium carotovorum and description of Pectobacterium versatile sp. nov.,isolated from streams and symptoms on diverse plants. Int J Syst Evol Microbiol. 69(10):3214-23	10.1099/ijsem.0.003611 🔗 HAL	International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology	CoMiC – DCFE
Lerch T.Z., Dignac M.-F., Thevenot M., Mguerchi C.°, Houot S. (2019) Chemical changes during composting of plant residues reduce their mineralisation in soil and cancel the priming effect. Soil Biology and Biochemistry, 136: 107525.	10.1016/j.soilbio.2019.107525 🔗 HAL	Soil Biology & Biochemistry	BioDIS – DCFE ; CoMiC – DCFE
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Daviere A, Sotomski M, Audibert A, Carol P, Hubert S, Lebreton S, Louvet-Vallee S, Pedron J, PuyaubertJ, Kraepiel Y, Lacoste J.(2019) Synergistic toxicity between glyphosate and 2,4-dinitrophenol on budding yeast is not due to H2O2-mediated oxidative stress. Matters 5 (4), e201903000030	10.19185/matters.201903000030 🔗 HAL 🔗 pdf	Matters	APCE – IPE ; CoMiC – DCFE ; EMS – DCFE
Mugler, C., Ribolzi, O., Janeau, J.L., Rochelle-Newall, E., Latsachack, K.`, Thammahacksa, C.`, Viguier, M., Jarde, E., Henri-Des-Tureaux, T., Sengtaheuanghoung, O.`, Valentin, C., 2019. Experimental and modelling evidence of short-term effect of raindrop impact on hydraulic conductivity and overland flow intensity. Journal of Hydrology 570, 401-410	10.1016/j.jhydrol.2018.12.046 🔗 HAL 🔗 pdf	Journal of Hydrology	CoMiC – DCFE ; F2ZC – Sols_ZC ; FEST – Sols_ZC
Barot, S., L. Abbadie, A. Auclerc, C. Barthélémy, E. Bérille, P. Billet, P. Clergeau, J.-N. Consales, M. Deschamp-Cottin, A. David~, C. Devigne, V. Dham, Y. Dusza~, A. Gaillard, E. Gonzalez, M. Hédont, D. Labarraque, A.-M. Le Bastard, J.-L. Morel, Y. Petit-Berghem, E. Rémy, E. Rochelle-Newall* & M. Veyrières, 2019. Urban ecology, stakeholders and the future of ecology. Science of The Total Environment 667:475-484	10.1016/j.scitotenv.2019.02.410 🔗 HAL 🔗 pdf	Science of the Total Environment	CoMiC – DCFE ; EMS – DCFE
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Ribolzi, O., Lacombe, G., Pierret, A., Robain, H., Sounyafong, P.`, de Rouw, A., Soulileuth, B.`, Mouche, E., Huon, S., Silvera, N., Latxachak, K.O.`, Sengtaheuanghoung, O.`, Valentin, C. Interacting land use and soil surface dynamics control groundwater outflow in a montane catchment of the lower Mekong basin. Agric. Ecosyst. Environ. 268, 90–102	10.1016/j.agee.2018.09.005 🔗 HAL	Agriculture Ecosystems & Environment	CoMiC – DCFE ; F2ZC – Sols_ZC
Dance D.A.B., Knappik M., Dittrich S., Viengmon D., Silisouk J.’, Vongsouvath M.’, Rattanavong S.,’ Pierret A.*, Newton P.N., Amornchai P’, Vanaporn Wuthiekanun’, Langla S., Limmathurotsakul D’. (2018) Evaluation of consensus method for the culture of Burkholderia pseudomallei in soil samples from Laos. Wellcome Open Research.	10.12688/wellcomeopenres.14851.2 🔗 HAL 🔗 pdf	Wellcome Open Research	CoMiC – DCFE
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Faye P`, Bertrand C^, Pédron J, Barny MA (2018) Draft genomes of “Pectobacterium peruviense” strains isolated from fresh water in France. Stand Genomic Sci. 13: 27	10.1186/s40793-018-0332-0 🔗 HAL 🔗 pdf	Standards in Genomic Sciences	CoMiC – DCFE
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Sengtaheuanghoung O., Ribolzi O., Rochelle-Newall E. J., Boithias L., Evrard O., Henri-des-Tureaux T., Huon S., Janeau J.-L., Latsachack K., Lefèvre I., Mouche E., Robain H., de Rouw A., Xayyathip K., Silvera N., Sisouvanh P~., Soulileuth B., Sounyafong P., Thammahacksa C., Viguier M., Lacombe G., Valentin C. & Pierret. A.*, Interactions between land use, fluxes of water and sediments, and the spread of bacterial contaminants in the uplands of northern Lao PDR. In: Nations, F. A. O. (ed) Proceedings of the Global Symposium on Soil Pollution 2018, Rome, Italy, 2018. FAO, p 976.		FAO Editions	BioDIS – DCFE ; CoMiC – DCFE ; F2ZC – Sols_ZC ; FEST – Sols_ZC
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Fouilland, E., A. Trottet, C. Alves-de-Souza, D. Bonnet, T. Bouvier, M. Bouvy, S. Boyer, L. Guillou, E. Hatey, H. Jing, C. Leboulanger, E. Le Floc’h, H. Liu, S. Mas, B. Mostajir, J. Nouguier, D. Pecqueur, E. Rochelle-Newall*, C. Roques, C. Salles, M.-G. Tournoud, C. Vasseur & F. Vidussi, 2017. Significant Change in Marine Plankton Structure and Carbon Production After the Addition of River Water in a Mesocosm Experiment. Microbial Ecology 74(2):289-301	10.1007/s00248-017-0962-6 🔗 HAL	Microbial Ecology	CoMiC – DCFE
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Alic S, Van Gijsegem F, Pédron J*, Ravnikar M and Dreo T (2018) Diversity within the novel Dickeya fangzhongdai sp., isolated from infected orchids, water and pears. Plant Pathology 67: 1612-1620.	10.1111/ppa.12866 🔗 HAL	Plant Pathology	CoMiC – DCFE
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Toussaint A., Van Gijsegem F.* (2017) Extension of the transposable bacterial virus family: two genomic organisations among phages and prophages with a Tn552-related transposase. Research in Microbiology, 169: 9	10.1016/j.resmic.2017.11.002 🔗 HAL	Research in Microbiology	CoMiC – DCFE
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Biscornet L, Dellagi K, Pagès F, Bibi J, de Comarmond J, Mélade J, Govinden G, Tirant M, Gomard Y, Guernier V*, Lagadec E, Mélanie J, Rocamora G, Le Minter G, Jaubert J, Mavingui P, Tortosa P. Human leptospirosis in Seychelles: a prospective study confirms the heavy burden of the disease but suggests that rats are not the main reservoir. PLoS Negl Trop Dis. 2017 Aug 28;11(8):e0005831.	10.1371/journal.pntd.0005831 🔗 HAL 🔗 pdf	Plos Neglected Tropical Diseases	CoMiC – DCFE
Morris C., Barny MA.*, Berge O., Kinkel LL., and Lacroix C.(2017) Frontiers for research on the ecology of plant pathogenic bacteria: Fundamentals for sustainability. Mol plant pathol : 18(2)	10.1111/mpp.12508 🔗 HAL 🔗 pdf	Molecular Plant Pathology	CoMiC – DCFE
Ribolzi O., Evrard O., Huon S., de Rouw A., Silvera N., Latsachack K.O.`, Soulileuth B.`, Lefèvre I., Pierret A., Lacombe G., Sengtaheuanghoung O.`, Valentin C.* (2017) From shifting cultivation to teak plantation: effect on overland flow and sediment yield in a montane tropical catchment. Scientific Reports, 7: 3987	10.1038/s41598-017-04385-2 🔗 HAL 🔗 pdf	Scientific Reports	CoMiC – DCFE ; F2ZC – Sols_ZC ; FEST – Sols_ZC
Zancarini A.^, Echenique-Subiabre I.~, Debroas D., Taïb N., Quiblier C., Humbert J.F.* (2017)Deciphering biodiversity and interactions between bacteria andmicroeukaryotes within epilithic biofilms from the Loue River, France. Scientific Reports 7, 4344	10.1038/s41598-017-04016-w 🔗 HAL 🔗 pdf	Scientific Reports	CoMiC – DCFE
Kim, M.`, L. Boithias, K. H. Cho`, N. Silvera, C. Thammahacksa, K. Latsachack, E. Rochelle-Newall, O. Sengtaheuanghoung, A. Pierret*, Y. A. Pachepsky & O. Ribolzi, 2017. Hydrological modeling of Fecal Indicator Bacteria in a tropical mountain catchment. Water Research 119:102-113	10.1016/j.watres.2017.04.038 🔗 HAL	Water Research	CoMiC – DCFE ; F2ZC – Sols_ZC
Le, T. P. Q., V. N. Dao°, E. Rochelle-Newall*, J. Garnier, X. Lu, G. Billen, T. T. Duong, C. T. Ho, H. Etcheber, T. M. H. Nguyen~, T. B. N. Nguyen, B. T. Nguyen, N. Da Le & Q. L. Pham, 2017. Total organic carbon fluxes of the Red River system (Vietnam). Earth Surface Processes and Landforms 42:1329-1341	10.1002/esp.4107	EARTH SURFACE PROCESSES AND LANDFORMS	CoMiC – DCFE
Manivanh, L`., A. Pierret, S. Rattanavong`, O. Kounnavongsa, Y`. Buisson, I. Elliott, J.-L. Maeght, K. Xayyathip`, J. Silisouk`, M. Vongsouvath`, R. Phetsouvanh`, P. N. Newton, G. Lacombe, O. Ribolzi, E. Rochelle-Newall* & D. A. B. Dance, 2017. Burkholderia pseudomallei in a lowland rice paddy: seasonal changes and influence of soil depth and physico-chemical properties. Scientific Reports 7:3031	10.1038/s41598-017-02946-z 🔗 HAL 🔗 pdf	Scientific Reports	CoMiC – DCFE ; F2ZC – Sols_ZC
Lerch T.Z., Chenu C., Dignac M.-F., Barriuso E., Mariotti A. (2017) Biofilm vs planktonic lifestyle: consequences on pesticide 2,4-D biodegradation by Cupriavidus necator JMP134. Frontiers in Microbiology 8 : 90	10.3389/fmicb.2017.00904 🔗 HAL 🔗 pdf	Frontiers in Microbiology	BioDIS – DCFE ; CoMiC – DCFE
MANIVANH, L.’, PIERRET A., RATTANAVONG, S.’, KOUNNAVONGSA, O.’, BUISSON, Y., ELLIOTT, I., MAEGHT, J.-L., XAYYATHIP, K., SILISOUK, J.’, VONGSOUVATH, M.’, PHETSOUVANH, R.’, NEWTON, P.N., LACOMBE, G., RIBOLZI, O., ROCHELLE-NEWALL*, E., DANCE, D.A.B. (2017) Burkholderia pseudomallei in a lowland rice paddy: seasonal changes and influence of soil depth and physico-chemical properties. Scientific Reports – Nature, 2017, 7, p. art. 3031 [11 p.].	10.1038/s41598-017-02946-z 🔗 HAL 🔗 pdf	Scientific Reports	CoMiC – DCFE
IMDIRAKPHOL S.’, ZAZZO A., AUETRAKULVIT P.’, TIAMTINKRIT C.’, PIERRET A.*, FORESTIER H., ZEITOUN V. (2017) The perforated stones of the Doi Pha Kan burials (Northern Thailand): A Mesolithic singularity? Comptes rendus Palevol (2017) Volume 16, Issue 3, April–May 2017, Pages 351-361	10.1016/j.crpv.2016.12.003 🔗 HAL 🔗 pdf	Comptes rendus Palevol	CoMiC – DCFE
KIM, J.H., FOURCAUD, T., JOURDAN, C., MAEGHT, J.-L., MAO, Z., METAYER, J., MEYLAN, L., PIERRET A., RAPIDEL, B., ROUPSARD, O., de ROUW, A.*, VILLATORO SANCHEZ, M., WANG, Y., STOKES, A. (2017) Vegetation drives slope stability and its variability through hydrological impacts. Geophys. Res. Lett., 44: 4897-4907.	10.1002/2017gl073174 🔗 HAL	Geophysical Research Letters	CoMiC – DCFE ; F2ZC – Sols_ZC
Dignac, M.-F., Derrien, D., Barré, P., Barot, S., Cécillon, L., Chenu, C., Chevallier, T., Freschet, G.T., Garnier, P., Guenet, B., Hedde, M., Klumpp, K., Lashermes, G., Maron, P.-A., Nunan, N.*, Roumet, C., Basile-Doelsch, I., 2017. Increasing soil carbon storage: mechanisms, effects of agricultural practices and proxies. A review.Agronomy for Sustainable Development 37	10.1007/s13593-017-0421-2 🔗 HAL 🔗 pdf	Agronomy for Sustainable Development	BioDIS – DCFE ; CoMiC – DCFE ; EMS – DCFE
Van Gijsegem F., Pédron J., Patrit O., Simond-Côte E., Maia-Grondard A., Pétriacq P., Gonzalez R., Blottière L.^, Kraepiel Y.* (2017) Manipulation of ABA content in Arabidopsis thaliana modifies sensitivity and oxidative stress response to Dickeya dadantii and influences peroxidase activity. Front. Plant Sci.: 8 : 456	10.3389/fpls.2017.00456 🔗 HAL 🔗 pdf	Frontiers in Plant Science	CoMiC – DCFE ; EMS – DCFE
Guellati F.Z., Touati H., Tambosco K., Quiblier C., Humbert J.F.*, Bensouilah M. (2017) Unusual cohabitation and competition between Planktothrix rubescens and Microcystis sp. (cyanobacteria) in a subtropical reservoir (Hammam Debagh) located in Algeria. Plos One 12(8): e0183540	10.1371/journal.pone.0183540 🔗 HAL 🔗 pdf	Plos one	CoMiC – DCFE
Debroas D., Domaizon I., Humbert J.F.*,Jardillier L., Lepère C., Oudart A. and Taïb X. (2017) Overview of freshwater microbial eukaryotesdiversity: a first analysis of publicly available metabarcoding data. FEMS Microbiology Ecology, 93, 4	10.1093/femsec/fix023 🔗 HAL	FEMS Microbiology Ecology	CoMiC – DCFE
Panettieri, M.; Rumpel, C.; Dignac, M. -F.; Chabbi, A. (2017) Does grassland introduction into cropping cycles affect carbon dynamics through changes of allocation of soil organic matter within aggregate fractions? SCIENCE OF THE TOTAL ENVIRONMENT, 576, 251-263	10.1016/j.scitotenv.2016.10.073 🔗 HAL 🔗 pdf	SCIENCE OF THE TOTAL ENVIRONMENT	CoMiC – DCFE ; FEST – Sols_ZC
Pancrace P., Barny MA., Ueoka R., Calteau A., Scalvenzi T., Pédron J., Barbe V., Piel J., Humbert JF.*, Gugger M (2017) Insights into the Planktothrix genus: Genomic and metabolic comparison of benthic and planktic strains. Scientific reports.7, 41181	10.1038/srep41181 🔗 HAL 🔗 pdf	Scientific Reports	CoMiC – DCFE

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Nom Prénom	Corps	Employeur	Département et Équipe	Adresse	Téléphone	Mél
BAKHOS Melissa	PhD student	S-U	Équipe CoMiC du Département DCFE ; Équipe FEST du Département Sols_ZC	Campus Pierre et Marie Curie – Paris 5e Tour 44-34 – 5e étage – bureau : 512		melissa.bakhos@sorbonne-universite.fr
BARNY Marie-Anne	DR	INRAE	Équipe CoMiC du Département DCFE	Campus Pierre et Marie Curie – Paris 5e Tour 44-45 – 4e étage – bureau : 408	(+33) 01-44-27-32-94	marie-anne.barny@upmc.fr
BEN MOUSSA Hajar	PhD student	S-U	Équipe CoMiC du Département DCFE	Campus Pierre et Marie Curie – Paris 5e Tour 44-45 – 4e étage – bureau : 413	(+33) 01-44-27-23-49	hajar.ben_moussa@sorbonne-universite.fr
CANTO Pierre Yves	AI	CNRS	Équipe CoMiC du Département DCFE	Campus Pierre et Marie Curie – Paris 5e Tour 44-45 – 4e étage – bureau : 414	(+33) 0144273253	pierre-yves.canto@upmc.fr
COLOMBINI Gabin	Post-doc	IRD	Équipe CoMiC du Département DCFE ; Équipe FEST du Département Sols_ZC	Campus Pierre et Marie Curie – Paris 5e Tour 44-34 – 5e étage – bureau : 510	(+33) 01-44-27-34-03	gabin.colombini@sorbonne-universite.fr
DIGNAC Marie-France	DR	INRAE	Équipe CoMiC du Département DCFE	Campus Pierre et Marie Curie – Paris 5e Tour 44-34 – 5e étage – bureau : 504	(+33) 01-44-27-51-71	marie-france.dignac@inrae.fr
GASQUE Mégane	PhD student	S-U	Équipe CoMiC du Département DCFE	Campus Pierre et Marie Curie – Paris 5e Tour 44-45 – 4e étage – bureau : 0		megane.gasque@ird.fr
GUERNIER Vanina	CR	IRD	Équipe CoMiC du Département DCFE	Campus Pierre et Marie Curie – Paris 5e Tour 44-45 – 4e étage – bureau : 408	(+33) 01-44-27-32-94	vanina.guernier@ird.fr
HUMBERT Jean-François	DR	INRAE	Équipe CoMiC du Département DCFE	Campus Pierre et Marie Curie – Paris 5e Tour 44-45 – 4e étage – bureau : 511	(+33) 01-44-27-41-67	jean-francois.humbert@upmc.fr
KARAMBIRI Yasmina	PhD student	S-U	Équipe CoMiC du Département DCFE			yasmina.karambiri@ird.fr
LAMY Dominique	MC	S-U	Équipe CoMiC du Département DCFE	Campus Pierre et Marie Curie – Paris 5e Tour 44-45 – 4e étage – bureau : 408	(+33) 01-44-27-41-67	dominique.lamy@sorbonne-universite.fr
LORANG Camille	CDD AI	CNRS	Équipe CoMiC du Département DCFE	Campus Pierre et Marie Curie – Paris 5e Tour 44-45 – 4e étage – bureau : 418	(+33) 01-44-27-31-45	camille.lorang@sorbonne-universite.fr
PÉDRON Jacques	MC	S-U	Équipe CoMiC du Département DCFE	Campus Pierre et Marie Curie – Paris 5e Tour 44-45 – 4e étage – bureau : 410	(+33) 01-44-27-41-67	jacques.pedron@upmc.fr
ROCHELLE-NEWALL Emma	DR	IRD	Équipe CoMiC du Département DCFE	Campus Pierre et Marie Curie – Paris 5e Tour 44-45 – 4e étage – bureau : 404	(+33) 01-44-27-38-26	emma.rochelle-newall@ird.fr
TREVISAN Dominique	IR	INRAE	Équipe CoMiC du Département DCFE	Campus Pierre et Marie Curie – Paris 5e Tour 44-45 – 4e étage – bureau : 1	(+33) 01-44-27-32-11	dominique.trevisan@inrae.fr

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Équipe Communautés Microbiennes dans les écosystèmes Continentaux "CoMiC" - iEES Paris

Notre travail, structuré autour du concept « one health/ecohealth », se développe sur deux axes principaux :

Biodiversité structurelle et fonctionnelle des communautés microbiennes, leurs interactions et leurs rôles dans la fonction des écosystèmes où nous étudions :

Qualité écologique des écosystèmes continentaux- (dys)-fonctionnement des communautés microbiennes et risques associés pour la santé humaine et la production végétale où nous étudions :

Dans un contexte de changement global et local présent et futur, les chercheurs de CoMiC visent à :

Quelques exemples de nos recherches

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INRAE – WaSAf, protéger les ressources en eau potable de surface en Afrique

iEES les femmes !

Remise d’équipements à DALaM et MouNoy Dev

Prix coup de cœur au concours “La preuve par l’image” décerné à Jean-François Humbert

IRD – Parution de trois « chroniques hydro-météorologiques et géochimiques » issues d’observatoires de l’environnement en Inde, au Cameroun et au Laos.

Colloque de restitution des résultats du projet WaSAf

Une analyse approfondie remet en cause des résultats récents relativisant le déclin des insectes

Un succès pour la surveillance participative des cyanobactéries en Côte d’Ivoire

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