Écologie moléculaire - iEES Paris

Le plateau technique d’écologie moléculaire a pour objectif de mutualiser les outils technologiques et les compétences en biologie moléculaire au service des programmes de recherche d’iEES_Paris.
Il regroupe les équipements et les savoir-faire nécessaires à l’activité des équipes de l’unité pour une large gamme d’échantillons environnementaux (eaux, sols, bactéries, liquides biologiques, etc.).

Le plateau offre une diversité d’approches d’extraction d’acides nucléiques puis de détection et de quantification par PCR, PCR temps réel (qPCR) et PCR digital (ddPCR). Ces approches peuvent être complétées par des dosages (Nanodrop) et des techniques séparatives (électrophorèse).
Nous étudions aussi sur des populations naturelles, semi-naturelles, ou en élevage, le polymorphisme génétique des individus et des populations, grâce à l’analyse des microsatellites comme marqueurs génétiques sur séquenceur.

Le plateau bénéficie de 60 m2 de laboratoire dédiés aux différentes activités de biologie moléculaire.

Le plateau technique d’écologie moléculaire assure :
  • le design expérimental des projets de biologie moléculaire et l’évaluation du temps et du coût des expériences ;
  • le soutien technique aux projets qui sont menés sur le plateau ;
  • l’encadrement et la mise en autonomie des utilisateurs aux outils en place ;
  • la qualité des résultats issus des expériences menées sur le plateau.
Les principales activités sont les suivantes :
  • l’extraction et purification d’acides nucléiques (ADN et ARN) ;
  • l’amplification par PCR pour le génotypage (microsatellites, RFLP, AFLP) ;
  • la mesure de l’expression génique ;
  • la détection de pathogènes ;
  • la quantification de gènes cibles ;
  • l’analyse de l’abondance de communautés microbiennes par marqueurs taxonomiques et fonctionnels de matrices environnementales (sols, eau, etc.) ;
  • le contrôle qualité d’acides nucléiques et de produits PCR.
Principaux équipements :
  • Bio-Rad C1000 Thermal cycler module optique CFX96 Real-Time System ;
  • Bio-Rad C1000 Thermal cycler module optique CFX384  Real-Time System ;
  • Bio-Rad PX1 PCR Plate Sealer ;
  • Bio-Rad QX20 Droplet Generator ;
  • centrifugeuse Eppendorf réfrigérée 5415-R (rotor 24 microtubes type Eppendorf)
  • centrifugeuse Eppendorf 5804-R réfrigérée, rotor pour tubes coniques de 15ml et 50ml ;
  • 3 thermocycleurs : Techne TC-512, Applied Biosystems GeneAmp PCR Systems 9700 et, Applied Biosystems GeneAmp PCR Systems 2700
  • séquenceur 8 capillaires (ABI 3500 Applied Biosystems)
  • cuves d’électrophorèse : RunONE electrophoresis cell, EmBitec, générateur APELEX PS304II Minipac
  • spectrophotomètre type nanodrop NP80 (IMPLEN)
  • fluorimètre Qubit30 (Life techno),
  • système complet d’imagerie EBOX VX2 avec mise en partage réseau des images.
  • hotte PCR
  • sorbonne chimique
  • hotte PSM de classe II
  • congélateurs -20°C et -80°C.
localisation

Localisation

La plateforme d’écologie moléculaire d’iEES Paris est installée sur le campus Pierre et Marie Curie de Sorbonne Université, barre 44-45, au 4e étage, pièce 411 et au 5e étage, pièce 523.

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