L’objectif de l’équipe BioDIS est de proposer une analyse des interactions des sols dans leur contexte environnemental, dans le but de prédire le fonctionnement biologique et l’évolution des sols.
Notre stratégie de recherche propose d’étudier les interactions biologiques en prenant en compte les contraintes abiotiques (qui ne sont pas liées à l’activité d’êtres vivants) qui régulent ou modulent ces interactions, selon trois axes de recherche :
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une analyse fonctionnelle des interactions, selon qu’elles soient de nature physique, chimique et/ou biochimique et les répercussions sur les fonctions émergentes du sol ;
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une analyse spatiale, nommée biogéographie des interactions, dans laquelle nous tenterons de mettre en évidence l’impact de la structuration spatiale sur l’organisation des interactions à différentes échelles (du paysage à l’habitat microbien) ;
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une analyse temporelle, nommée évolution des interactions, dans laquelle nous analyserons l’impact de la sélection naturelle, des flux de gènes et de la dérive génétique sur les interactions.
Seule une intégration de ces différents aspects permet la compréhension et la prédiction du fonctionnement des sols.
Le sol est un système complexe et constitue un élément fondamental des écosystèmes terrestres. Il participe à la réalisation d’un grand nombre de services écosystémiques, tels que la production de nourriture, l’épuration des eaux, le recyclage des déchets organiques ou le stockage de carbone.
Une particularité du sol est sa très forte structuration spatiale conduisant à la coexistence d’une multitude d’habitats aux propriétés variées. L’organisation spatiale des pores et des éléments solides du sol conduit à une distribution de l’oxygène, des solutés ou de l’eau extrêmement complexe et dont les gradients peuvent être très forts sur une distance d’à peine quelques micromètres.
Ces environnements sont également très dynamiques puisque leurs propriétés physico-chimiques peuvent changer rapidement, sous l’effet de l’activité microbienne, des racines des plantes et des vers de terre. Ceci a pour conséquence une modification rapide des contraintes sélectives auxquelles sont soumis les organismes du sol, en particulier due à la capacité de nombre d’entre eux à créer leur propre niche écologique.
La notion d’habitat en interaction avec l’activité biologique apparaît donc centrale pour mieux comprendre le fonctionnement biologique du sol. Plus que tout autre domaine de l’écologie, l’écologie des sols doit intégrer les interactions biotiques-abiotiques et les interactions entre micro- et macroorganismes.
Publications de l'équipe
Ne concerne que les publications de 2017 à aujourd’hui. Pour voir toutes les publications dirigez-vous vers la page Publications.
| Référence | DOI et liens HAL | Journal | Equipe(s) – Département(s) |
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| Fourcade Y.*, WallisDeVries M.F., Kuussaari M., Van Swaay C.A.M., Heliölä J., Öckinger E. (2021) Habitat amount and distribution modify community dynamics under climate change. Ecology Letters, 24, 950-957 10.1111/ele.13691 | 10.1111/ele.13691 🔗 HAL | Ecology Letters | BioDIS – DCFE |
| Nakhle P., Ribolzi O., Boithias L., Rattanavong S., Auda Y., Sayavong S., Zimmermann R., Soulileuth B., Pando A*., Thammahacksa C., Rochelle-Newall E.J.*, Santini W., Martinez J-M., Gratiot N., Pierret A*.(2021) “Effects of hydrological regime and land use on in-stream Escherichia coli concentration in the Mekong basin, Lao PDR”. Scientific Reports, 11:3460. | 10.1038/s41590-021-82891-0 | nature.com scientific reports | BioDIS – DCFE ; CoMiC – DCFE |
| Pham T°., Rumpel C.*, Capowiez Y., Jouquet P.,* Pelosi C., Pando A.*, Aroui Boukdiba H.*, Bottinelli N.*. (2021). Mid-infraned spectroscopy of earthworm bodies to investigate their species belonging and their relationship with the soil they inhabit.Appl. Soil. Ecol.162. 10.1016/j.apsoil.2021.103894 | 10.1016/j.apsoil.2021.103894 | Applied Soil Ecology | BioDIS – DCFE ; FEST – Sols_ZC |
| Guttières R~, Nunan N*, Raynaud X*, Lacroix G*, Barot S*, Barré P, Girardin C, Guenet B, Lata J-C*, Abbadie L*. 2021. Temperature and soil management effects on carbon fluxes and priming effect intensity. Soil Biology and Biochemistry 153: 108103, 10.1016/j.soilbio.2020.108103 | 10.1016/j.soilbio.2020.108103 🔗 HAL | soil biology and biochemistry | EMS – DCFE ; BioDIS – DCFE |
| Alhajeri B., Fourcade Y.*, Upham N. S., Alhaddad H. (2020) A global test of Allen’s rule in Rodents. Global Ecology & Biogeography, 29: 2248-2260 | 10.1111/geb.13198 | global ecology & biogeography | BioDIS – DCFE |
| Foti L~, Barot S*, Gignoux J*, Grimaldi M*, Lata J-C*, Lerch TZ*, Nold F, Nunan N*, Raynaud X*, Abbadie L*, Dubs F* 2020. Topsoil characteristics of forests and lawns along an urban-rural gradient in the Paris region. Soil Use and Management: 1-13 | 10.1111/sum.12640 🔗 HAL | Soil Use and Management | EMS – DCFE; BioDIS – DCFE |
| Widhalm T., Fourcade Y.*, Frank T., Öckinger, E. (2020) Population dynamics of the butterfly Pyrgus armoricanus after translocation beyond its northern range margin. Insect Conservation and Diversity | 10.1111/icad.12430 | Insect Conservation and Diversity | BioDIS – DCFE |
| Changey F^., Blaud A., Pando A*., Herrmann A., Lerch T*. (2020). Monitoring soil microbial communities using molecular tools: DNA extraction methods may offset long-term management effects. Eur J Soil Sci,1-16. | 10.1111/ejss.13026 | european journal of soil sciences | BioDIS – DCFE |
| Borsali A.H., Lerch T*., Besbes R., Gros R., Schwob I., Boudenne JL., Ziarelli F., Pando A*., Farnet AM. (2020). Coastal environments shape chemical and microbial properties of forest litters in circum Mediterranean region. Eur J Soil Sci 1-16. | 10.1111/ejss.13023 🔗 HAL | european journal of soil sciences | BioDIS – DCFE |
| Fourcade Y.*, Richardson D.S., Secondi J. (2020) No evidence for a loss of genetic diversity despite a strong decline in size of a European population of the corncrake Crex crex. Bird Conservation International, 30: 260-266 | 10.1017/S0959270919000327 | bird conservation international | BioDIS – DCFE |
| Célini L.*, Roy V.*, Delabie J., Frechault S.*, Mora P.* (2020). Présence de Solenopsis globularia (F. Smith, 1858) et Cardiocondyla emeryi Forel, 1881 (Formicidae : Myrmicinae) dans l’île de Saint Barthélemy aux Antilles Françaises. Bulletin de la Société Entomologique de France, 125 (2) : 145 162. | 10.32475/bsef_2061 | Bulletin de la Société Entomologique de France | BioDIS – DCFE ; ESEAE – EcoEvo |
| Nunan N, Schmidt H, Raynaud X. 2020. The ecology of heterogeneity: soil bacterial communities and C dynamics. Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences 375: 20190249. | 10.1098/rstb.2019.0249 🔗 HAL | Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences | EMS – DCFE; BioDIS – DCFE |
| Pruvost C.~ , Mathieu J.*, Nunan N.,* Gigon A.*, Pando A.*, Lerch T.Z.*, Blouin M. 2020.Tree growth and macrofauna colonization in Technosols constructed from recycled urban wastes. Ecological Engineering, 153, 105886 | 10.1016/j.ecoleng.2020.105886 🔗 HAL | ecological engineering | BioDIS – DCFE ; EERI – DCFE |
| Boulesnane Y., Leloup J*, Lerch T.Z.*, Roynette A., Pensé-Lhéritier A-M. , MielcarekC. , Changey F. (2020) Impact of sampling and DNA extraction methods on skin microbiota assessment. Journal Microbiol Methods, 171: 105880. | 10.1016/j.mimet.2020.105880 | Journal Microbiol Methods | EMS – DCFE ; CoMiC – DCFE ; BioDIS – DCFE |
| Baudrin G.°, Roy V.*, Gigon A.*, Dupont L.* (2020) Bar-HRM for identification of cryptic earthworm species. Pedobiologia – Journal of Soil Ecology, 80: 150634 | 10.1016/j.pedobi.2020.150634 | Journal of Soil Ecology | BioDIS – DCFE |
| Audusseau H.^, Vandenbulcke F., Dume C.°, Deschins V.°, Pauwels M., Gigon A.*, Bagard M.*, Dupont L.* (2020) Impacts of metallic trace elements on an earthworm community in an urban wasteland: Emphasis on the bioaccumulation and genetic characteristics in Lumbricus castaneus. Science of the Total Environnement, 718 : 137259 | 10.1016/j.scitotenv.2020.137259 🔗 HAL | science of the total environment | BioDIS – DCFE ; APCE – IPE |
| Paradelo R., Lerch T.*, Houot S., Dignac M.-F.* (2019) Composting modifies the patterns of incorporation of OC and N from plant residues into soil aggregates. Geoderma, 353: 415-422. | 10.1016/j.geoderma.2019.07.025 🔗 HAL | Geoderma | CoMiC – DCFE ; BioDIS – DCFE |
| Lerch T.Z.*, Dignac M.-F.*, Thevenot M., Mguerchi C., Houot S. (2019) Chemical changes during composting of plant residues reduce their mineralisation in soil and cancel the priming effect. Soil Biology and Biochemistry, 136: 107525. | 10.1016/j.soilbio.2019.107525 🔗 HAL | Soil Biology and Biochemistry | CoMiC – DCFE ; BioDIS – DCFE |
| Alhajeri B.H., Fourcade Y.* (2019) High correlation between species-level environmental data estimates extracted from IUCN expert range maps and from GBIF occurrence data. Journal of Biogeography, 46: 1329-1341 | 10.1111/jbi.13619 | journal of biogeography | BioDIS – DCFE |
| Dupont L.*, Pauwels M., Dume C.°, Deschins V.°, Audusseau H.^, Gigon A.*, Dubs F., Vandenbulcke F. (2019) Genetic variation of the epigeic earthworm Lumbricus castaneus populations in urban soils of the Paris region (France) revealed using eight newly developed microsatellite markers. Applied Soil Ecology, 135 : 33-37 | 10.1016/j.apsoil.2018.11.004 🔗 HAL | Applied Soil Ecology | BioDIS – DCFE |
| James S.W., Bartz M.L.C., Stanton D.W.G., Conrado A.C.,Dupont L.*,Taheri S.~, Da Silva E., Cunha L., Brown G.G. (2019) A neotype for Pontoscolex corethrurus (Müller, 1857) (Clitellata). Zootaxa, 4545 (1) : 124-132 | 10.11646/zootaxa.4545.1.7 🔗 HAL | Zootaxa | BioDIS – DCFE |
| Schmidt, H., Nunan, N.*, Höck, A., Eickhorst, T., Kaiser, C., Woebken, D., Raynaud, X.*, 2018. Recognizing Patterns: Spatial Analysis of Observed Microbial Colonization on Root Surfaces. Frontiers in Environmental Science 6. | 10.3389/fenvs.2018.00061 🔗 HAL | Frontiers in Environmental Science | BioDIS – DCFE ; EMS – DCFE |
| Fourcade Y.* ,Åström S., Öckinger E. (2019) Climate and land-cover change alter bumblebee species richness and community composition in subalpine areas. Biodiversity and Conservation, 28: 639–653 | 10.1007/s10531-018-1680-1 | biodiversity and conservation | BioDIS – DCFE |
| Fourcade Y.*, BesnardA.G., Beslot E., Hennique S., Mourgaud G., Berdin G., Secondi J (2018) Habitat selection in a dynamic seasonal environment: Vegetation composition drives the choice of the breeding habitat for the community of passerines in floodplain grasslands. Biological Conservation, 228: 301-309 | 10.1016/j.biocon.2018.11.007 | biological conservation | BioDIS – DCFE |
| Baveye, P.C., Otten, W., Kravchenko, A., Balseiro-Romero, M., Beckers, É., Chalhoub, M., Darnault, C., Eickhorst, T., Garnier, P., Hapca, S., Kiranyaz, S., Monga, O., Mueller, C.W., Nunan, N.*, Pot, V., Schlüter, S., Schmidt, H., Vogel, H.-J., 2018. Emergent Properties of Microbial Activity in Heterogeneous Soil Microenvironments: Different Research Approaches Are Slowly Converging, Yet Major Challenges Remain. Frontiers in Microbiology 9 | 10.3389/fmicb.2018.01929 🔗 HAL | Frontiers in Microbiology | BioDIS – DCFE |
| Van Groenigen, J.W., Agnelli, A., Bai, J., Capowiez, Y., Cayuela, M., Kögel-Knabner, I., Laird, D., McBratney, A., Morgan, C., Nater, E.A., Nunan, N., Said-Pullicino, D., Vepraskas, M., 2018. Citation stacking in soil science articles: our response to the open letter by concerned early-career soil scientists. Geoderma 328, 119–120. | 10.1016/j.geoderma.2018.03.023 | Geoderma | BioDIS – DCFE |
| Obiakara M.C., Fourcade Y.* (2018) Climatic niche and potential distribution of Tithonia diversifolia (Hemsl.) A. Gray in Africa. PlosOne, 13: e0202421 | 10.1371/jourl.pone.0202421 | plos one | BioDIS – DCFE |
| Sengtaheuanghoung O., Ribolzi O., Rochelle-Newall E. J.*, Boithias L., Evrard O., Henri-des-Tureaux T.*, Huon S.*, Janeau J.-L*., Latsachack K*., Lefèvre I., Mouche E., Robain H.*, de Rouw A.*, Xayyathip K.*, Silvera N.*, Sisouvanh P~., Soulileuth B.*, Sounyafong P*., Thammahacksa C*., Viguier M., Lacombe G., Valentin C. & Pierret. A.*, Interactions between land use, fluxes of water and sediments, and the spread of bacterial contaminants in the uplands of northern Lao PDR. In: Nations, F. A. O. (ed) Proceedings of the Global Symposium on Soil Pollution 2018, Rome, Italy, 2018. FAO, p 976. | FAO Editions | CoMiC – DCFE ; BioDIS – DCFE ; F2ZC – Sols_ZC ; FEST – Sols_ZC |
|
| Porco D., Chang C.-H.,Dupont L.*, James S., Richard B. , Decaëns T. (2018) A reference library of DNA barcodes for the earthworms from Upper Normandy: Biodiversity assessment, new records, potential cases of cryptic diversity and ongoing speciation. Applied Soil Ecology, 124 : 362-371 | 10.1016/j.apsoil.2017.11.001 🔗 HAL | Applied Soil Ecology | BioDIS – DCFE |
| Taheri S.~, James S.W., Roy V.*, Decaëns T., Williams B.W., Anderson F., Rougerie R., Chang C.-H., Brown G. G., Cunha L., Stanton D. W. G., Silva E.D., Chen J.-H., Lemmon A., Bartz M., Baretta D., Barois I., Lapied E., Coulis M., Dupont L.* (2018) Complex taxonomy of the ‘brush tail’ peregrine earthworm Pontoscolex corethrurus. Molecular Phylogenetics and Evolution, 124, 60-70. | 10.1016/j.ympev.2018.02.021 🔗 HAL | Molecular Phylogenetics and Evolution | BioDIS – DCFE |
| Mathieu J.*, Caro G.~ & Dupont L.* (2018) Methods for studying earthworm dispersal. Applied Soil Ecology, 123 : 339-344 | 10.1016/j.apsoil.2017.09.006 🔗 HAL | Applied Soil Ecology | EERI – DCFE ; BioDIS – DCFE |
| Fougeyrollas R.~, Dolejšová K., Křivánek J., Sillam-Dussès D.*, Roisin Y., Hanus R., Roy V. *(2018) Dispersal and mating strategies in two neotropical soil-feeding termites, Embiratermes neotenicus and Silvestritermes minutus (Termitidae, Syntermitinae). Insectes Sociaux, 65, 251-262. | 10.1007/s00040-018-0606-y 🔗 HAL | Insectes Sociaux | BioDIS – DCFE ; ESEAE – EcoEvo |
| Milcu A.; Puga-Freitas R*.; Ellison A.M., Blouin M., Scheu S., Girin T., Freschet G.T., Rose L., Scherer-Lorenzen M., Barot S*., Lata J-C*., Cesarz S., Eisenhauer N., Gigon A*.,Weigelt A., Hansart A., Greiner A., Pando A*., Gessler A., Grignani C., Assandri D., Gleixner G., Le Galliard J-F*., Urban-Mead K., Laura Zavattaro L., MüllerM.E.H., LangeM., Martin Lukac M., Bonkowski M., Mannerheim N., Buchmann N., Butenschoen O., Rotter P., Seyhun R., Devidal S., Kayler Z., and J Roy J.(2018).Genotypic variability enhances the reproducibility of an ecological study. Nature Ecology and Evolution. 2, p279–287 | 10.1038/s41559-017-0434-x 🔗 HAL | nature ecology and evolution | BioDIS – DCFE ; EMS – DCFE ; EcoPhyS – IPE |
| Taheri S.~, Pelosi C.,Dupont L.* (2018) Harmful or useful ? A case study of the exotic peregrine earthworm morphospeciesPontoscolex corethrurus. Soil Biology and Biochemistry, 116: 277-289 | 10.1016/j.soilbio.2017.10.030 🔗 HAL | Soil Biology and Biochemistry | BioDIS – DCFE |
| Agapit, C.~, Gigon, A.*, Puga-Freitas, R.*, Zeller, B., Blouin, M. Plant-earthworm interactions: influence of age and proportion of casts in the soil on plant growth, morphology and nitrogen uptake. Plant Soil 424, 49–61 (2018). https://doi.org/10.1007/s11104-017-3544-y | 10.1007/s11104-017-3544-y 🔗 HAL | plant soil | EcoPhyS – IPE ; BioDIS – DCFE |
| Fourcade Y.*, Besnard A.G., Secondi J. (2018) Paintings predict the distribution of species, or the challenge of selecting environmental predictors and evaluation statistics. Global Ecology and Biogeography, 27: 245-256 | 10.1111/geb.12684 🔗 HAL | global ecology and biogeography | BioDIS – DCFE |
| Jouquet P*., Pando A*.; Aroui H*.; Harit A.; Capowiez Y.; Bottinelli N*.2017. Evidence from Mid-Infrared Spectroscopy (MIRS) that the biological fingerprints of Odontotermes obesus termite colonies change according to their geographical location and age. (2017). Insect. Soc. 65:77–84 | 10.1007/s00040-017-0589-0 🔗 HAL | Insectes sociaux | BioDIS – DCFE ; FEST – Sols_ZC |
| Deeb M.~, Desjardins T.*, Podwojewski P.*, Pando A.*, Blouin M., Lerch T.Z.* (2017) Interactive effects of compost, plants and earthworms on aggregation in constructed Technosols. Geoderma 305: 305–313 | 10.1016/j.geoderma.2017.06.014 🔗 HAL | Geoderma | BioDIS – DCFE ; FEST – Sols_ZC |
| Nunan, N.*, 2017. The microbial habitat in soil: Scale, heterogeneity and functional consequences. Journal of Plant Nutrition and Soil Science 180, 425–429. | 10.1002/jpln.201700184 🔗 HAL | Journal of Plant Nutrition and Soil Science | BioDIS – DCFE |
| Nunan, N.*, Leloup, J.*, Ruamps, L.S.~, Pouteau, V., Chenu, C., 2017. Effects of habitat constraints on soil microbial community function. Scientific Reports 7. | 10.1038/s41598-017-04485-z 🔗 HAL | Scientific Reports | BioDIS – DCFE ; EMS – DCFE |
| Foti L.~, Dubs F.^, Gignoux J.*, Lata J.C.*, Lerch T. Z*, Mathieu J.*, Nold F., Nunan N.*,Raynaud X.*, Abbadie L.*, Barot S.* (2017) Trace metal concentrations along a gradient of urban pressure in forest and lawn soils of the Paris region (France). Science of the Total Environment, 598: 938-948 | 10.1016/j.scitotenv.2017.04.111 🔗 HAL | Science of the Total Environment | EMS – DCFE ; BioDIS – DCFE ; EERI – DCFE |
| Fourcade Y.*, Ranius T., Öckinger E. (2017) Temperature drives abundance fluctuations, but spatial dynamics is constrained by landscape configuration: implications for climate-driven range shift in a butterfly. Journal of Animal Ecology, 86: 1339-1351 | 10.1111/1365-2656.12740 | journal of animal ecology | BioDIS – DCFE |
| Leloup, J.*, Baude, M.~, Nunan, N.*, Meriguet, J., Dajoz, I.*, Le Roux, X., Raynaud, X.* (2018) Unravelling the effects of plant species diversity and aboveground litter input on soil bacterial communities. Geoderma 317, 1–7. | 10.1016/j.geoderma.2017.12.018 🔗 HAL | Geoderma | EMS – DCFE ; BioDIS – DCFE ; EERI – DCFE |
| Lerch T.Z.*, Chenu C., Dignac M.-F.*, Barriuso E., Mariotti A. (2017) Biofilm vs planktonic lifestyle: consequences on pesticide 2,4-D biodegradation by Cupriavidus necator JMP134. Frontiers in Microbiology 8 : 904. | 10.3389/fmicb.2017.00904 🔗 HAL | JMP134. Frontiers in Microbiology | BioDIS – DCFE ; CoMiC – DCFE |
Membres de l'équipe
| Nom Prénom | Corps | Employeur | Département et Équipe | Adresse | Téléphone | Mél |
|---|---|---|---|---|---|---|
| CAVAUD Louise | Doctorant | UPEC | Équipe BioDIS du Département DCFE | UPEC Créteil bâtiment P – 2e étage – bureau : 211 | (+33) 01 45 17 16 14 | louise.cavaud@univ-paris-est.fr |
| DUPONT Lise | MC | UPEC | Équipe BioDIS du Département DCFE | UPEC Créteil bâtiment P – 4e étage – bureau : 418 | (+33) 01 45 17 16 64 | lise.dupont@u-pec.fr |
| EL MEKDAD Fatima | Doctorant | Sorbonne université | Équipe BioDIS du Département DCFE | Campus Pierre et Marie Curie Tour 44-45 – 2e étage – bureau : 218 | (+33) 01 44 27 47 30 | fatima.el_mekdad@sorbonne-universite.fr |
| FOURCADE Yoan | MC | UPEC | Équipe BioDIS du Département DCFE | UPEC Créteil bâtiment P – 4e étage – bureau : 422 | (+33) 01 45 17 14 69 | yoan.fourcade@u-pec.fr |
| GERGONNE Damien | Doctorant | CNRS | Équipe BioDIS du Département DCFE | UPEC Créteil bâtiment P – 2e étage – bureau : 211 | (+33) 06 40 40 80 89 | gergonne.damien@gmail.com |
| GIGON Agnes | IE | UPEC | Équipe BioDIS du Département DCFE | UPEC Créteil bâtiment P – 4e étage – bureau : 422 | (+33) 01 45 17 14 69 | gigon@u-pec.fr |
| LERCH Thomas | MC | UPEC | Équipe BioDIS du Département DCFE | IRD Bondy bâtiment A – RDC – bureau : 1 | (+33) 01 48 02 79 33 | thomas.lerch@u-pec.fr |
| NUNAN Naoise | CR | CNRS | Équipe BioDIS du Département DCFE | Campus Pierre et Marie Curie Tour 44-45 – 2e étage – bureau : 212 | (+33) 01 44 27 41 06 | naoise.nunan@upmc.fr |
| PANDO Anne | IR | IRD | Équipe BioDIS du Département DCFE | IRD Bondy affecté à NAFRI/DALaM VIENTIANE LAOS Bat A – RDC – bureau : 01 | (+33) 01 48 02 55 90 | anne.pando@ird.fr |
| ROCHA ARAUJO Jose Hilario | Doctorant | Est-Ensemble | Équipe BioDIS du Département DCFE | IRD Bondy bâtiment B – Sous-sol étage – bureau : 8 | (+33) 01 80 25 698 | jose.araujo@ird.fr |
| ROY Virginie | MC | UPEC | Équipe BioDIS du Département DCFE | UPEC Créteil bâtiment P – 4e étage – bureau : P4-420 | (+33) 01 45 17 16 14 | roy@u-pec.fr |
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